Content from Introducción a la Terminal

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Overview

Questions

• ¿Qué es una terminal y por qué utilizarla?

Objectives

• Explicar cómo se relaciona la terminal con el teclado, la pantalla, el sistema operativo y los programas de los usuarios.
• Explicar cuándo y por qué se deben utilizar interfaces de línea de comandos en lugar de interfaces gráficas.

Introducción

En su nivel más sencillo, las computadoras hacen cuatro cosas:

• ejecutar programas
• guardar datos
• comunicarse entre ellas
• interactuar con nosotros

Pueden hacer estas cosas de muchas maneras distintas, incluyendo conexiones directas entre cerebro-computadora o interfaces de voz. Aunque estas interfaces son cada vez más comunes, la mayoría de las interacciones aún se llevan a cabo a través de pantallas, ratones, pantallas táctiles y teclados. A pesar de que la mayoría de los sistemas operativos modernos se comunican con sus usuarios a través de ventanas, íconos y apuntadores, estas tecnologías no eran comunes sino hasta los años 80s. Las raíces de estas interfaces gráficas de usuario se remontan al trabajo de Doug Engelbart’s en los 60s, el cual podemos ver en lo que se ha denominado “La Madre de todos los Demos”.

Interfaz de Línea de Comandos

Remontándonos aún más allá, la única manera de interactuar con las computadoras tempranas era reorganizando sus cables. Después, entre los 50s y los 80s, la mayoría de la gente utilizaba impresoras de línea. Estos aparatos solo permitían generar entradas y salidas de letras, números y signos de puntuación que se encontraban en un teclado estándar, por lo que los lenguajes de programación y las interfaces con el software tuvieron que ser diseñados con esa limitante en mente.

A este tipo de interfaz se le denomina interfaz de línea de comandos (command-line interface, o CLI por sus siglas en inglés) para distinguirla de la interfaz gráfica de usuario (graphical user interface, o GUI) que es la que utilizan la mayoría de los usuarios actuales. El corazón del CLI es un ciclo conocido como read-evaluate-print loop, o REPL (ciclo lectura-ejecución-impresión): cuando el usuario teclea un comando y después presiona la tecla Enter, la computadora lo lee, ejecuta e imprime el resultado (también conocido como output). Después el usuario escribe otro comando y el ciclo continúa hasta que el usuario se desconecta del equipo.

La Terminal

Esta descripción hace pensar que el usuario envía comandos directamente a la computadora y que la computadora envía el resultado o salida directamente al usuario. De hecho, por lo general hay un programa intermediario conocido como terminal o línea de comandos. Lo que el usuario escribe se pasa a la terminal, la cual calcula qué comandos ejecutar y ordena al equipo su ejecución. (En inglés, a la terminal se le llama “shell”, que quiere decir concha, porque encierra al sistema operativo con el fin de ocultar algo de su complejidad y hacer más fácil la interacción con él.)

Una terminal es un programa como cualquier otro. Lo que la hace especial es que su trabajo es ejecutar otros programas, en lugar de realizar los cálculos en sí. La terminal más popular de Unix se llama Bash, que proviene de Bourne Again Shell (así llamada porque deriva de una versión previa escrita por Stephen Bourne). Bash es la terminal por defecto en la mayoría de las implementaciones modernas de Unix, y en la mayoría de los paquetes que proporcionan herramientas similares a las de Unix para Windows.

¿Por qué usarlo?

Utilizar bash o cualquier otra terminal a veces es mas cómodo para programar que utilizar un ratón. Los comandos son cortos (a menudo con sólo un par de caracteres de largo), sus nombres son frecuentemente crípticos, y su salida son líneas de texto en lugar de algo visual, como un gráfico. Por otra parte, con unas cuantas teclas la terminal nos permite combinar las herramientas existentes en potentes pipelines y manejar grandes volúmenes de datos automáticamente. Esta automatización no sólo nos hace más productivos, sino que también mejora la reproducibilidad de nuestros trabajo dado que permite repetir procesos de forma idéntica con unos simples comandos. Además, la línea de comandos es a menudo la forma más fácil de interactuar con máquinas remotas y superordenadores. La familiaridad con la terminal es casi esencial para utilizar una variedad de herramientas y recursos especializados, incluyendo sistemas de computación de alto rendimiento. A medida que los clusters y los sistemas de computación en la nube se vuelven más populares para el análisis de datos científicos, ser capaz de interactuar con ellos se convierte en una habilidad necesaria. Podemos aprovechar las habilidades que adquiriremos en línea de comandos para abordar una amplia gama de preguntas científicas y desafíos computacionales.

Pipeline de Nelle: Punto de partida

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Nelle Nemo, una bióloga marina, acaba de regresar de un estudio de seis meses del Giro del Pacífico Norte, en donde ha estado muestreando la vida marina gelatinosa en la Gran Mancha de Basura del Pacífico. Tiene 1,520 muestras en total, ahora necesita:

1. Procesar cada muestra en una máquina de ensayo para medir la abundancia relativa de 300 proteínas diferentes. La salida de la máquina para una sola muestra es un archivo con una línea para cada proteína, y un archivo con la secuencia de cada proteína.
2. Calcular las estadísticas de cada una de las proteínas por separado usando un programa que su supervisor escribió llamado goostat.
3. Comparar las estadísticas de cada proteína con las estadísticas correspondientes de las otras proteínas utilizando un programa que escribió uno de los estudiantes de doctorado llamado goodiff.
4. Resumir los resultados. A su supervisor le gustaría mucho que su análisis estuviera listo para fin de mes, para que su artículo pueda aparecer en un próximo número especial de Aquatic Goo Letters.

La máquina de ensayo tarda aproximadamente media hora en procesar cada muestra. La buena noticia es que sólo se necesitan dos minutos para configurar cada ensayo. Dado que su laboratorio tiene ocho máquinas de ensayo que puede utilizar en paralelo, este paso “sólo” durará unas dos semanas.

La mala noticia es que si quiere ejecutar goostat ygoodiff a mano, Nelle tendrá que ingresar los nombres de los archivos y hacer clic en “Aceptar” 46,370 veces (1520 carreras de goostat, más 300 * 299/2 (la mitad de 300 veces 299) ejecuciones degoodiff). Dado que cada ejecución toma 30 segundos, le llevará más de dos semanas (sin dormir ni comer). Nelle no sólo no cumpliría su plazo de entrega de resultados, sino que las posibilidades de que escriba todos los comandos correctamente son prácticamente cero.

Las siguientes lecciones explorarán una mejor alternativa para que Nelle realice su análisis. Más específicamente, explicaremos cómo puede usar la línea de comandos para automatizar los pasos repetitivos en su pipeline. Así, su computadora podrá trabajar las 24 horas del día mientras ella escribe su artículo. Además, una vez que Nelle haya generado un pipeline podrá usarlo de nuevo cada vez que colecte nuevos datos.

Key Points

• Una terminal es un programa cuyo objetivo principal es leer comandos y ejecutar otros programas.
• Las principales ventajas de la terminal son su alta relación acción-tecla, su soporte para la automatización de tareas repetitivas, y que puede utilizarse para acceder a otras máquinas en una red.
• Las desventajas principales de la terminal son su naturaleza primordialmente textual y que sus comandos y operación pueden llegar a ser muy crípticos.

Content from Navegación de archivos y directorios

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Overview

Questions

• ¿Cómo puedo moverme dentro de mi computadora?
• ¿Cómo puedo ver qué archivos y directorios tengo?
• ¿Cómo puedo especificar la ubicación de un archivo o directorio en mi computadora?

Objectives

• Explicar las similitudes y diferencias entre un archivo y un directorio.
• Convertir una ruta absoluta en una ruta relativa y viceversa.
• Construir rutas absolutas y relativas que identifican archivos y directorios específicos.
• Explicar los pasos del ciclo de lectura-ejecución-impresión de la terminal.
• Identificar el comando, opciones y nombres de archivo en una llamada de línea de comandos.
• Demostrar el uso del autocompletado con el tabulador y explicar sus ventajas.

La parte del sistema operativo responsable de administrar archivos y directorios se le denomina sistema de archivos (file system). Organiza nuestros datos en archivos que contienen información, y directorios (también llamados “carpetas”), que contienen archivos u otros directorios.

Varios comandos se utilizan con frecuencia para crear, inspeccionar, cambiar el nombre y eliminar archivos y directorios. Para comenzar a explorarlos, abramos una terminal:

La magia de preparación

Si escribes el comando: PS1='$ ' en tu terminal, seguido de presionar la tecla ‘Enter’, tu ventana se verá como nuestro ejemplo en esta lección. Esto no es necesario para continuar así que lo dejamos a tu criterio.

BASH

$

El signo $ es un prompt, que nos muestra que la terminal está esperando una entrada; tu terminal puede usar un carácter diferente como prompt y puede agregar información antes de él. Al teclear comandos, ya sea a partir de estas lecciones o de otras fuentes, no escribas el prompt ($), sólo los comandos que le siguen.

Escribe el comando whoami, luego presiona la tecla Enter para enviar el comando a la terminal. La salida de este comando es el ID del usuario actual, es decir, nos muestra como quién nos identifica la terminal:

BASH

$ whoami

OUTPUT

nelle

Más específicamente, cuando escribimos whoami la terminal:

1. encuentra un programa llamado whoami,
2. ejecuta ese programa,
3. muestra la salida de ese programa, luego
4. muestra un nuevo prompt para decirnos que está listo para más comandos.

Variaciones en el username

En esta lección, hemos utilizado el nombre de usuario nelle (asociado a nuestra científica hipotética Nelle) en todos los ejemplos de entrada y salida. Sin embargo, cuando escribas los comandos de esta lección en tu computadora, deberías ver y usar algo diferente, específicamente, el username asociado con tu cuenta de usuario en la computadora que estás utilizando. Este username será la salida de whoami. En los ejemplos siguientes, nelle siempre será reemplazado por ese username.

Comandos desconocidos

Recuerda, la terminal es un programa que llama a otros programas en lugar de realizar los cálculos ella misma. Los comandos que escribes en la terminal deben ser los nombres de programas existentes. Si tecleas el nombre de un programa que no existe y oprimes Enter, verás un mensaje de error similar a este:

BASH

$ mycommand

ERROR

-bash: mycommand: command not found

La terminal te dice que no puede encontrar el programa mycommand porque este programa no existe en tu computadora. En este curso aprenderás varios comandos, pero existen muchos más de los que mencionaremos.

Averiguemos dónde estamos, ejecutando el comando pwd (que significa “imprime directorio de trabajo” - “print working directory”). En cualquier momento, nuestro directorio actual es nuestro directorio predeterminado, es decir, el directorio que la computadora supone queremos ejecutar comandos a menos que especifiquemos explícitamente otra cosa. En este caso la respuesta de la computadora es /Users/nelle, el cual es el directorio de inicio de Nelle, también conocido como su directorio home:

BASH

$ pwd

OUTPUT

/Users/nelle

Variaciones en el Directorio de Inicio

El directorio home puede lucir diferente en distintos sistemas operativos. En Linux puede verse como /home/nelle, en Windows puede ser similar a C:\Documents and Settings\nelle o C:\Users\nelle (pueden variar según la versión de Windows que estés utilizando). En los ejemplos que siguen utilizaremos la salida de Mac como estándar. Linux y Windows pueden variar ligeramente, pero lucen similares en general.

Para entender lo que es un “directorio home” echemos un vistazo a cómo se organiza el sistema de archivos. Como ejemplo, discutiremos el sistema de archivos en la computadora de nuestra científica Nelle. Después de este ejemplo, aprenderás comandos para explorar tu propio sistema de archivos. Se parecerá a este, pero no será exactamente idéntico.

En la computadora de Nelle, el sistema de archivos se ve así:

En la parte superior está el directorio raíz o root que contiene todo lo demás. Nos referimos a este directorio usando un caracter de barra / por si solo; esta es la barra al inicio de /Users/nelle.

Dentro de ese directorio hay otros directorios: bin (que es donde se almacenan algunos programas preinstalados), data (para archivos de datos diversos), Users (donde se encuentran los directorios personales de los usuarios), tmp (para archivos temporales que no necesitan ser almacenados a largo plazo), etcétera.

Sabemos que nuestro directorio actual de trabajo /Users/nelle se almacena dentro de/Users porque /Users es la primera parte de su nombre. Igualmente, sabemos que /Users se almacena dentro del directorio raíz/ porque su nombre comienza con /.

Diagonales

Observa que hay dos significados para el carácter /. Cuando aparezca antes del nombre de archivo o directorio, se refiere al directorio root. Cuando aparezca dentro de un nombre, es solo un separador.

Dentro de /Users, encontramos un directorio para cada usuario con una cuenta en la máquina de Nelle, sus colegas Mummy y Wolfman.

Los archivos de Mummy se almacenan en /Users/imhotep, los de Wolfman están en /Users/larry, y los de Nelle en /Users/nelle. Dado que Nelle es el usuario en nuestros ejemplos, es por eso que recibimos /Users/nelle como nuestro directorio personal. Normalmente, cada vez que abres una nueva terminal te encontrarás en tu directorio home.

Ahora vamos a aprender el comando que nos permitirá ver el contenido de nuestro sistema de archivos. Podemos ver lo que hay en nuestro directorio personal ejecutando ls, que significa “listar”:

BASH

$ ls

OUTPUT

Applications Documents    Library      Music        Public
Desktop      Downloads    Movies       Pictures

(Una vez más, tus resultados pueden ser ligeramente diferentes dependiendo de tu sistema operativo y cómo has personalizado tu sistema de archivos.)

ls imprime los nombres de los archivos y directorios en el directorio actual en orden alfabético, dispuestos ordenadamente en columnas. Podemos hacer su salida más comprensible usando la opción o flag -F, que le indica a ls que agregue un /a los nombres de los directorios:

BASH

$ ls -F

OUTPUT

Applications/ Documents/    Library/      Music/        Public/
Desktop/      Downloads/    Movies/       Pictures/

ls permite muchas otras flags. Para averiguar cuales son, podemos escribir:

BASH

$ ls --help

OUTPUT

Usage: ls [OPTION]... [FILE]...
List information about the FILEs (the current directory by default).
Sort entries alphabetically if none of -cftuvSUX nor --sort is specified.

Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too.
  -a, --all                  do not ignore entries starting with .
  -A, --almost-all           do not list implied . and ..
      --author               with -l, print the author of each file
  -b, --escape               print C-style escapes for nongraphic characters
      --block-size=SIZE      scale sizes by SIZE before printing them; e.g.,
                               '--block-size=M' prints sizes in units of
                               1,048,576 bytes; see SIZE format below
  -B, --ignore-backups       do not list implied entries ending with ~
  -c                         with -lt: sort by, and show, ctime (time of last
                               modification of file status information);
                               with -l: show ctime and sort by name;
                               otherwise: sort by ctime, newest first
  -C                         list entries by columns
      --color[=WHEN]         colorize the output; WHEN can be 'always' (default
                               if omitted), 'auto', or 'never'; more info below
  -d, --directory            list directories themselves, not their contents
  -D, --dired                generate output designed for Emacs' dired mode
  -f                         do not sort, enable -aU, disable -ls --color
  -F, --classify             append indicator (one of */=>@|) to entries
      --file-type            likewise, except do not append '*'
      --format=WORD          across -x, commas -m, horizontal -x, long -l,
                               single-column -1, verbose -l, vertical -C
      --full-time            like -l --time-style=full-iso
  -g                         like -l, but do not list owner
      --group-directories-first
                             group directories before files;
                               can be augmented with a --sort option, but any
                               use of --sort=none (-U) disables grouping
  -G, --no-group             in a long listing, don't print group names
  -h, --human-readable       with -l and/or -s, print human readable sizes
                               (e.g., 1K 234M 2G)
      --si                   likewise, but use powers of 1000 not 1024
  -H, --dereference-command-line
                             follow symbolic links listed on the command line
      --dereference-command-line-symlink-to-dir
                             follow each command line symbolic link
                               that points to a directory
      --hide=PATTERN         do not list implied entries matching shell PATTERN
                               (overridden by -a or -A)
      --indicator-style=WORD  append indicator with style WORD to entry names:
                               none (default), slash (-p),
                               file-type (--file-type), classify (-F)
  -i, --inode                print the index number of each file
  -I, --ignore=PATTERN       do not list implied entries matching shell PATTERN
  -k, --kibibytes            default to 1024-byte blocks for disk usage
  -l                         use a long listing format
  -L, --dereference          when showing file information for a symbolic
                               link, show information for the file the link
                               references rather than for the link itself
  -m                         fill width with a comma separated list of entries
  -n, --numeric-uid-gid      like -l, but list numeric user and group IDs
  -N, --literal              print raw entry names (don't treat e.g. control
                               characters specially)
  -o                         like -l, but do not list group information
  -p, --indicator-style=slash
                             append / indicator to directories
  -q, --hide-control-chars   print ? instead of nongraphic characters
      --show-control-chars   show nongraphic characters as-is (the default,
                               unless program is 'ls' and output is a terminal)
  -Q, --quote-name           enclose entry names in double quotes
      --quoting-style=WORD   use quoting style WORD for entry names:
                               literal, locale, shell, shell-always,
                               shell-escape, shell-escape-always, c, escape
  -r, --reverse              reverse order while sorting
  -R, --recursive            list subdirectories recursively
  -s, --size                 print the allocated size of each file, in blocks
  -S                         sort by file size, largest first
      --sort=WORD            sort by WORD instead of name: none (-U), size (-S),
                               time (-t), version (-v), extension (-X)
      --time=WORD            with -l, show time as WORD instead of default
                               modification time: atime or access or use (-u);
                               ctime or status (-c); also use specified time
                               as sort key if --sort=time (newest first)
      --time-style=STYLE     with -l, show times using style STYLE:
                               full-iso, long-iso, iso, locale, or +FORMAT;
                               FORMAT is interpreted like in 'date'; if FORMAT
                               is FORMAT1<newline>FORMAT2, then FORMAT1 applies
                               to non-recent files and FORMAT2 to recent files;
                               if STYLE is prefixed with 'posix-', STYLE
                               takes effect only outside the POSIX locale
  -t                         sort by modification time, newest first
  -T, --tabsize=COLS         assume tab stops at each COLS instead of 8
  -u                         with -lt: sort by, and show, access time;
                               with -l: show access time and sort by name;
                               otherwise: sort by access time, newest first
  -U                         do not sort; list entries in directory order
  -v                         natural sort of (version) numbers within text
  -w, --width=COLS           set output width to COLS.  0 means no limit
  -x                         list entries by lines instead of by columns
  -X                         sort alphabetically by entry extension
  -Z, --context              print any security context of each file
  -1                         list one file per line.  Avoid '\n' with -q or -b
      --help     display this help and exit
      --version  output version information and exit

The SIZE argument is an integer and optional unit (example: 10K is 10*1024).
Units are K,M,G,T,P,E,Z,Y (powers of 1024) or KB,MB,... (powers of 1000).

Using color to distinguish file types is disabled both by default and
with --color=never.  With --color=auto, ls emits color codes only when
standard output is connected to a terminal.  The LS_COLORS environment
variable can change the settings.  Use the dircolors command to set it.

Exit status:
 0  if OK,
 1  if minor problems (e.g., cannot access subdirectory),
 2  if serious trouble (e.g., cannot access command-line argument).

GNU coreutils online help: <http://www.gnu.org/software/coreutils/>
Full documentation at: <http://www.gnu.org/software/coreutils/ls>
or available locally via: info '(coreutils) ls invocation'

Muchos comandos bash y programas que la gente ha escrito que se pueden ejecutar desde el bash, aceptan la opción --help para mostrar más información sobre cómo usar los comandos o programas.

Opciones de línea de comandos inexistentes

Si intentas utilizar una flag que no existe, ls y otros programas imprimirán un mensaje de error similar a este:

BASH

$ ls -j

ERROR

ls: invalid option -- 'j'
Try 'ls --help' for more information.

Para más información sobre cómo usar ls podemos escribir man ls. man es el comando “manual” de Unix: imprime la descripción de un comando y sus opciones, y (si tienes suerte) proporciona algunos ejemplos de cómo usarlo.

man y Git para Windows

La terminal proporcionada por Git para Windows no incluye soporte para el comando man. Una búsqueda en la web de unix man page COMMAND (por ejemplo, unix man page grep) proporciona enlaces a numerosas copias en línea del manual de Unix. Por ejemplo, GNU proporciona enlaces a sus Manuales, que incluyen grep, y utilidades básicas de GNU, que cubre muchos comandos incluidos en esta lección.

Para navegar por las páginas de man, las teclas de flecha arriba y abajo te permiten moverte línea por línea, las teclas “b” y la barra espaciadora permiten saltar hacia arriba y hacia abajo una página a la vez. Puedes salir de las páginas man escribiendo “q”.

Aquí podemos ver que nuestro directorio home contiene principalmente subdirectorios. Cualquier nombre en la salida que no tenga barras se refiere a archivos comunes y corrientes. Observa que hay un espacio entre ls y -F: sin él, la terminal cree que estamos tratando de ejecutar un comando llamado ls-F, el cual no existe.

Parámetros vs. Argumentos

De acuerdo con Wikipedia, los términos argumento y parámetro significan cosas ligeramente diferentes. En la práctica, sin embargo, la mayoría de la gente los usa indistintamente para referirse a los términos que acompañan a un comando. Considera el siguiente ejemplo:

BASH

$ ls -lh Documents

ls es el comando, -lh son flags (u opciones), y Documents es el argumento.

También podemos usar ls para ver el contenido de un directorio diferente. Veamos nuestro directorio Desktop ejecutandols -F Desktop, es decir, el comando ls con flag -F y el argumento Desktop. El argumento Desktop le dice a ls que queremos una lista de algo distinto a nuestro directorio actual.

BASH

$ ls -F Desktop

OUTPUT

data-shell/

La salida debe ser una lista de todos los archivos y subdirectorios en tu Desktop, incluido el directorio data-shell que descargaste al comienzo de la lección. Echa un vistazo a tu escritorio para confirmar que la salida es correcta.

Como puedes ver ahora, el uso de una terminal está basado de la idea de que tus archivos se organizan en un sistema de archivos jerárquico. Organizar las cosas jerárquicamente nos ayuda a realizar un seguimiento de nuestro trabajo: es posible poner centenares de archivos en nuestro directorio home, así como es posible acumular cientos de papeles impresos en nuestro escritorio, pero es una estrategia muy poco eficiente.

Ahora que sabemos que el directorio data-shell se encuentra en Desktop, podemos hacer dos cosas.

Primero, podemos ver su contenido, usando la misma estrategia que antes, pasando un nombre de directorio a ls:

BASH

$ ls -F Desktop/data-shell

OUTPUT

creatures/          molecules/          notes.txt           solar.pdf
data/               north-pacific-gyre/ pizza.cfg           writing/

En segundo lugar, podemos cambiar nuestra ubicación a un directorio diferente, por lo que ya no estaremos ubicados en nuestro directorio home.

El comando para cambiar de ubicación es cd, seguido del nombre de un directorio para cambiar nuestro directorio de trabajo. cd significa “cambio de directorio” (change directory), lo cual es un poco engañoso: el comando no cambia el directorio, cambia la idea de la terminal de en qué directorio estamos.

Digamos que queremos pasar al directorio data que vimos anteriormente. Podemos utilizar la siguiente serie de comandos para llegar allí:

BASH

$ cd Desktop
$ cd data-shell
$ cd data

Estos comandos nos moverán del directorio home al directorio Desktop, luego al directorio data-shell, y finalmente al directorio data. cd no imprime nada, pero si ejecutamos pwd después de esto, podemos ver que ahora estamos en /Users/nelle/Desktop/data-shell/data. Si ejecutamos ls ahora sin argumentos, se listan los contenidos de /Users/nelle/Desktop/data-shell/data, porque ahí es donde estamos ahora:

BASH

$ pwd

OUTPUT

/Users/nelle/Desktop/data-shell/data

BASH

$ ls -F

OUTPUT

amino-acids.txt   elements/     pdb/	          salmon.txt
animals.txt       morse.txt     planets.txt     sunspot.txt

Ahora sabemos cómo bajar por el árbol de directorios, pero ¿cómo subimos (regresamos)? Podemos probar lo siguiente:

BASH

cd data-shell

ERROR

-bash: cd: data-shell: No such file or directory

¡Pero tenemos un error! ¿Por qué pasa esto?

Con los métodos aprendidos hasta ahora, cd sólo puede ver subdirectorios dentro del directorio actual. Existen distintas maneras de ver los directorios que se encuentran encima de tu ubicación actual; empezaremos con el más simple.

Existe un acceso directo en la terminal para subir un nivel de directorio que se ve así:

BASH

$ cd ..

.. es un nombre de directorio especial que significa “el directorio que contiene a este”, o más brevemente, el padre del directorio actual. Por supuesto, si ejecutamos pwd después de ejecutarcd .., volvemos a /Users/nelle/Desktop/data-shell:

BASH

$ pwd

OUTPUT

/Users/nelle/Desktop/data-shell

Normalmente no aparece el directorio especial .. cuando ejecutamosls. Si queremos mostrarlo, podemos dar a ls la opción -a:

BASH

$ ls -F -a

OUTPUT

./                  creatures/          notes.txt
../                 data/               pizza.cfg
.bash_profile       molecules/          solar.pdf
Desktop/            north-pacific-gyre/ writing/

-a significa “mostrar todo”; obliga a ls a mostrarnos nombres de archivos y directorios que comienzan con ., como .. (que, si estamos en/Users/nelle, hace referencia al directorio /Users) Como puedes ver, también muestra otro directorio especial que se llama simplemente ., que significa “el directorio de trabajo actual”. Puede parecer redundante tener un nombre para él, pero veremos algunos usos para ello en el transcurso de este curso.

Nota que varias flags del mismo comando pueden combinarse en el mismo -, sin espacios entre los argumentos: ls -F -a es equivalente a ls -Fa.

Otros archivos ocultos

Además de los directorios ocultos .. y ., también puedes ver un archivo llamado .bash_profile. Este archivo normalmente contiene configuraciones de ajuste de la terminal. También puedes ver otros archivos y directorios que comienzan con .. Estos son generalmente archivos y directorios que se utilizan para configurar diferentes programas en tu computadora. El prefijo . se utiliza para evitar que archivos de configuración llenen la terminal cuando un comando ls estándar se utiliza.

Ortogonalidad

Los nombres especiales . y .. no son exclusivos de cd; son interpretados de la misma manera por todos los programas. Por ejemplo, si estamos en /Users/nelle/data, el comando ls .. nos dará una lista de/Users/nelle. Cuando los significados de las partes son los mismos, no importa cómo se combinan, los programadores dicen que son ortogonales: los sistemas ortogonales tienden a ser más fáciles de aprender porque hay menos casos especiales y excepciones que recordar.

Estos son entonces los comandos básicos para navegar por el sistema de archivos de tu computadora: pwd,ls y cd. Exploremos algunas variaciones de estos comandos. ¿Qué pasa si escribes cd por sí solo, sin dar un directorio?

BASH

$ cd

¿Cómo puedes comprobar lo que sucedió? ¡pwd nos da la respuesta!

BASH

$ pwd

OUTPUT

/Users/nelle

Resulta que cd sin un argumento te devolverá a tu directorio home, lo cual es genial si te has perdido en tu propio sistema de archivos.

Vamos a intentar volver al directorio data que utilizamos antes. La última vez, usamos tres comandos, pero en realidad podemos enlazar la lista de directorios para llegar a data en un solo paso:

BASH

$ cd Desktop/data-shell/data

Comprueba que nos hemos movido al lugar correcto ejecutando pwd y ls -F.

Si queremos subir un nivel desde el directorio de datos, podríamos usar cd ... Pero hay otra manera de moverse a cualquier directorio, independientemente de tu ubicación actual.

Hasta ahora, al especificar nombres de directorio, o incluso una ruta de directorio (como anteriormente), hemos estado usando caminos relativos. Cuando utilizas una ruta relativa con un comando como ls ocd, la terminal intenta encontrar esa ubicación desde donde estamos, en lugar de la raíz del sistema de archivos.

Sin embargo, es posible especificar la ruta absoluta a un directorio incluyendo su ruta completa desde el directorio raíz, que está indicado por una diagonal principal. Esta / principal le dice a la computadora que siga el camino desde la raíz del sistema de archivos, por lo que siempre se refiere a un sólo directorio, sin importar donde estemos cuando ejecutamos el comando.

Esto nos permite pasar a nuestro directorio data-shell desde cualquier lugar del sistema de directorios (incluyendo desde data). Para encontrar el camino absoluto que estamos buscando, podemos usar pwd y luego extraer la pieza que necesitamos para movernos a data-shell.

BASH

$ pwd

OUTPUT

/Users/nelle/Desktop/data-shell/data

BASH

$ cd /Users/nelle/Desktop/data-shell

Ejecuta pwd y ls -F para asegurarte de que estás en el directorio que esperas.

Dos atajos más

La terminal interpreta el carácter ~ (tilde) al inicio de una ruta como “el directorio inicial del usuario actual”. Por ejemplo, si el home de Nelle es /Users/nelle, entonces~/data es equivalente a /Users/nelle/data. Esto sólo funciona si es el primer carácter en la ruta: aqui/alla/~/otrolado no es aquí/alla/Users/nelle/otrolado.

Otro atajo es el carácter - (guión). cd lo interpreta como el directorio anterior en el que estaba, lo cual es más rápido que tener que recordar, y luego escribir, la ruta completa. Esta es una manera muy eficiente de ir y venir entre directorios. La diferencia entre cd .. y cd - es que el primero te mueva hacia adelante, mientras que el último te regresa. Puedes pensar en ello como el botón último canal en el control remoto de tu televisión.

Pipeline de Nelle: Organizando archivos

Sabiendo todo esto de archivos y directorios, Nelle está lista para organizar los archivos que creará la máquina de análisis de proteínas. Primero, Nelle crea un directorio llamado north-pacific-gyre (para recordar de dónde provienen los datos). Dentro de éste, crea un directorio llamado 2012-07-03, que es la fecha en que comenzó a procesar las muestras. Solía utilizar nombres como conference-paper y revised-results, pero se tornaban difíciles de entender después de un par de años. (La gota que derramo el vaso fue cuando se encontró creando un directorio denominado revised-revised-results-3.)

Ordenando la salida

Nelle nombra sus directorios “año-mes-día”, con ceros a la cabeza para meses y días, porque la terminal muestra los nombres de archivos y directorios en orden alfabético. Si usara nombres de mes, diciembre vendría antes de julio; si no utiliza ceros a la izquierda, Noviembre (‘11’) vendría antes de julio (‘7’). Del mismo modo, poner el año primero significa que junio de 2012 aparecerá antes de junio de 2013.

Cada una de sus muestras físicas está etiquetada según la convención de su laboratorio con un identificador único de diez caracteres, tal como “NENE01729A”. Esto es lo que utilizó en su registro de la colección para registrar la ubicación, el tiempo, la profundidad y otras características de la muestra, por lo que decidió utilizarlo como parte del nombre de cada archivo de datos. Dado que la salida de la máquina de ensayo es texto sin formato, ella llamará a sus archivos NENE01729A.txt, NENE01812A.txt, y así sucesivamente. Todos los 1,520 archivos estarán en el mismo directorio.

Ahora en su directorio actual data-shell, Nelle puede ver qué archivos tiene usando el comando:

BASH

$ ls north-pacific-gyre/2012-07-03/

Esto es mucho que teclear, pero puede permitir que la terminal haga la mayor parte del trabajo a través de lo que se llama autocompletado con el tabulador. Si escribe:

BASH

$ ls nor

y después presiona el tabulador (la tecla de tabulador en su teclado), la terminal completa automáticamente el nombre del directorio por ella:

BASH

$ ls north-pacific-gyre/

Si presiona el tabulador otra vez, Bash añadirá 2012-07-03/ al comando, ya que es el único autocompletamiento posible. Presionar el tabulador de nuevo no hace nada, ya que hay 19 posibilidades; presionar el tabulador dos veces muestra una lista de todos los archivos, y así sucesivamente. Esto se denomina autocompletado con el tabulador, y lo veremos en muchas otras herramientas a medida que avancemos.

Rutas Absolutas vs Relativas

A partir de /Users/amanda/data/, ¿Cuál de los siguientes comandos podría Amanda usar para navegar a su directorio de inicio, que es /Users/amanda?

1. cd .
2. cd /
3. cd /home/amanda
4. cd ../..
5. cd ~
6. cd home
7. cd ~/data/..
8. cd
9. cd ..

Solución

1. No: . significa el directorio actual.
2. No: / significa el directorio raíz.
3. No: El directorio home de Amanda es /Users/amanda.
4. No: sube dos niveles, es decir termina en /Users.
5. Sí: ~ significa el directorio home del usuario, en este caso /Users/amanda.
6. No: esto navegaría a un directorio home en el directorio actual, si existe.
7. Sí: innecesariamente complicado, pero correcto.
8. Sí: un atajo para volver al directorio home del usuario.
9. Sí: sube un nivel.

Resolución de ruta relativa

Si se utiliza el diagrama de sistema de directorios de abajo, si pwd muestra /Users/thing, ¿Qué mostrará ls -F ../backup?

1. ../backup: No such file or directory
2. 2012-12-01 2013-01-08 2013-01-27
3. 2012-12-01/ 2013-01-08/ 2013-01-27/
4. original/ pnas_final/ pnas_sub/

Solución

1. No: sí existe un directorio backup en /Users.
2. No: este es el contenido de Users/thing/backup, pero con .. pedimos un nivel más arriba.
3. No: lee la explicación anterior.
4. Sí: ../backup se refiere a /Users/backup.

ls comprensión de lectura

Suponiendo una estructura de directorio como en la figura anterior, si pwd muestra /Users/backup, y -r le dice a ls que muestre el resultado en orden inverso, ¿qué comando mostrará:

OUTPUT

pnas_sub/ pnas_final/ original/

1. ls pwd
2. ls -r -F
3. ls -r -F /Users/backup
4. #2 y #3, pero no #1.

Show me the solution

1. No: pwd no es el nombre de un directorio.
2. Sí: ls sin argumento de directorio lista archivos y directorios en el directorio actual.
3. Sí: utiliza explícitamente el camino absoluto.
4. Correcto: vea las explicaciones arriba.

Explorando más argumentos de ls

¿Qué hace el comando ls cuando se utiliza con los argumentos-l y -h?

Algunos de sus resultados son sobre propiedades que no cubrimos en esta lección (tales como permisos de archivo y propiedad), sin embargo, el resto debe ser útil.

Solución

El argumento -l hace que ls utilice un formato de lista largo, mostrando no sólo los nombres de archivo/directorio, sino también información adicional como el tamaño del archivo y la hora de su última modificación. El argumento -h hace que el tamaño del archivo sea “human readable” (legible por humanos), es decir, muestra algo como 5.3K en lugar de5369.

Listando recursivamente y por tiempo

El comando ls -R enumera el contenido de los directorios recursivamente, es decir, lista sus subdirectorios, subsubdirectorios, etc. en orden alfabético en cada nivel. El comando ls -t ordena el resultado según la fecha del último cambio, los archivos o directorios más recientemente modificados aparecen primero. ¿En qué orden muestra los resultados el usar ls -R -t? Pista: ls -l usa un formato de lista larga para ver los timestamps.

Solución

Los directorios se enlistan alfabéticamente en cada nivel, los archivos/directorios en cada directorio se ordenan por la hora del último cambio.

Key Points

• El sistema de archivos es responsable de administrar la información en el disco.
• La información se almacena en archivos, que a su vez se almacenan en directorios (carpetas).
• Los directorios también pueden almacenar otros directorios, formando un árbol de directorios.
• cd path cambia el directorio de trabajo actual.
• ls path imprime un listado de un archivo o directorio específico; ls por si solo lista el contenido del directorio de trabajo actual.
• pwd imprime el directorio de trabajo actual del usuario.
• whoami muestra la identidad actual del usuario.
• / es el directorio raíz de todo el sistema de archivos.
• Una ruta relativa especifica una ubicación desde la ubicación actual.
• Una ruta absoluta especifica una ubicación desde la raíz del sistema de archivos.
• Los nombres de directorio en una ruta están separados por ‘/’ en Unix, pero por \ en Windows.
• ‘..’ significa ‘el directorio por encima del actual’; ‘.’ significa ‘el directorio actual’.
• La mayoría de los nombres de los archivos son algo.extension. La extensión no es necesaria y no garantiza nada, pero normalmente se utiliza para indicar el tipo de datos en el archivo.
• La mayoría de los comandos toman opciones (flags) que comienzan con un ‘-’.

Content from Trabajando con archivos y directorios

---

Last updated on 2023-04-24 | Edit this page

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Overview

Questions

• ¿Cómo puedo crear, copiar y eliminar archivos y directorios?
• ¿Cómo puedo editar archivos?

Objectives

• Crear una jerarquía de directorios que coincida con un diagrama dado.
• Crear archivos en esa jerarquía usando un editor o copiando y renombrando archivos existentes.
• Mostrar el contenido de un directorio utilizando la línea de comandos.
• Eliminar archivos y/o directorios específicos.

Ahora sabemos cómo explorar archivos y directorios, pero ¿cómo los creamos en primer lugar? Volvamos a nuestro directorio data-shell en Desktop y utilicemos el comando ls -F para ver lo que contiene:

BASH

$ pwd

OUTPUT

/Users/nelle/Desktop/data-shell

BASH

$ ls -F

OUTPUT

creatures/  molecules/           pizza.cfg
data/       north-pacific-gyre/  solar.pdf
Desktop/    notes.txt            writing/

Creemos un nuevo directorio llamado thesis usando el comandomkdir thesis (que no genera una salida):

BASH

$ mkdir thesis

Como su nombre sugiere, mkdir significa “make directory”, que significa “crear directorio” en inglés. Dado que thesis es una ruta relativa (es decir, no inicia con una barra oblicua /), el nuevo directorio se crea en la carpeta de trabajo actual:

BASH

$ ls -F

OUTPUT

creatures/  north-pacific-gyre/  thesis/
data/       notes.txt            writing/
Desktop/    pizza.cfg
molecules/  solar.pdf

Dos maneras de hacer lo mismo

Usar la terminal para crear un directorio no es diferente de usar un navegador de archivos gráfico. Si abres el directorio actual utilizando el explorador de archivos gráfico de tu sistema operativo, el directorio thesis aparecerá allí también. Si bien son dos formas diferentes de interactuar con los archivos, los archivos y los directorios con los que trabajamos son los mismos.

Buena nomenclatura para archivos y directorios

Usar nombres complicados para archivos y directorios pueden hacer tu vida muy complicada cuando se trabaja en la línea de comandos. Te ofrecemos algunos consejos útiles para nombrar tus archivos de ahora en adelante.

1. No uses espacios en blanco.

Los espacios en blanco pueden hacer un nombre más significativo, pero, dado que se utilizan para separar argumentos en la línea de comandos, es mejor evitarlos en nombres de archivos y directorios. Puedes utilizar - o_ en lugar de espacios en blanco.

2. No comiences el nombre con un - (guión).

Los comandos tratan a los nombres que comienzan con - como opciones.

3. Utiliza únicamente letras, números, . (punto),- (guión) y _ (guión bajo).

Muchos otros caracteres tienen un significado especial en la línea de comandos y los aprenderemos durante esta lección. Algunos sólo harán que tu comando no funcione, otros pueden incluso hacer que pierdas datos.

Si necesitas referirte a nombres de archivos o directorios que tengan espacios en blanco u otro carácter no alfanumérico, se debe poner el nombre entre comillas dobles ("").

Dado que acabamos de crear el directorio thesis, aún se encuentra vacío:

BASH

$ ls -F thesis

Cambiemos nuestro directorio de trabajo a thesis usandocd, y a continuación, ejecutemos un editor de texto llamado Nano para crear un archivo denominado draft.txt:

BASH

$ cd thesis
$ nano draft.txt

¿Qué editor usar?

Cuando decimos, “nano es un editor de texto”, realmente queremos decir “texto”: sólo funciona con datos de caracteres simples, no con tablas, imágenes o cualquier otro formato amigable con el usuario. Lo utilizamos en ejemplos porque es un editor muy sencillo que permite funciones muy básicas. Sin embargo, por estas mismas cualidades, podría ser insuficiente para necesidades de la vida real. En los sistemas Unix (como Linux y Mac OS X) muchos programadores utilizan Emacs o Vim (ambos requieren más tiempo para familiarizarse con ellos), o un editor gráfico como Gedit. En Windows puedes utilizar Notepad ++. Windows también tiene un editor interno llamado notepad que se puede ejecutar desde la línea de comandos de la misma manera que nano para los propósitos de esta lección.

Sea cual sea el editor que uses, necesitarás saber dónde busca y guarda archivos. Si lo inicias desde la terminal, usará (probablemente) el directorio de trabajo actual como ubicación predeterminada. Si utilizas el menú de inicio de tu computadora puede ser que los archivos se guarden en tu Desktop o el directorio de Documentos. Puedes cambiar de directorio destino navegando a otro directorio la primera vez guardes el archivo usando “Guardar como …”.

Escribamos algunas líneas de texto. Una vez que estemos contentos con nuestro texto, podemos presionar Ctrl-O (presiona la tecla Ctrl o Control y, mientras la mantienes presionada, oprime la tecla O) para escribir nuestros datos en el disco (se nos preguntará en qué archivo queremos guardar esto: presiona Enter para aceptar el valor predeterminado sugerido draft.txt).

Una vez que nuestro archivo está guardado, podemos usar Ctrl-X para salir del editor y volver a la terminal.

Tecla Control, Ctrl o ^

La tecla Control también se denomina tecla “Ctrl”. Hay varias maneras de indicar el uso de la tecla Control. Por ejemplo, una instrucción para presionar la tecla Control y, mientras la mantienes pulsada, presionar la tecla X, puede ser descrita de cualquiera de las siguientes maneras:

• Control-X
• Control+X
• Ctrl-X
• Ctrl+X
• ^X
• C-x

En nano, a lo largo de la parte inferior de la pantalla se lee ^G Get Help ^O WriteOut. Esto significa que puedes usar Control-G para obtener ayuda yControl-O para guardar tu archivo.

nano no deja ninguna salida en la pantalla después de que salir del programa, pero ls ahora muestra que hemos creado un archivo llamadodraft.txt:

BASH

$ ls

OUTPUT

draft.txt

Limpiemos un poco ejecutando rm draft.txt:

BASH

$ rm draft.txt

Este comando elimina archivos (rm es la abreviatura de “remove”, “remover” en inglés). Si ejecutamos ls de nuevo, la salida estará vacía una vez más, indicándonos que nuestro archivo ha desaparecido:

BASH

$ ls

Eliminar es para siempre

La terminal de Unix no tiene una papelera de reciclaje desde donde podamos restaurar archivos eliminados (aunque la mayoría de las interfaces gráficas de Unix sí lo tienen). En su lugar, cuando eliminamos archivos, los mismos se desvinculan del sistema de archivos para que su espacio de almacenamiento en disco pueda ser reciclado. Existen herramientas para encontrar y recuperar archivos eliminados, pero no hay garantía de que funcionen en todas las situaciones, ya que la computadora puede reciclar el espacio en disco del archivo en cuestión inmediatamente, perdiéndose de manera permanente.

Creemos de nuevo el archivo y después subamos un directorio a /Users/nelle/Desktop/data-shell usando cd ..:

BASH

$ pwd

OUTPUT

/Users/nelle/Desktop/data-shell/thesis

BASH

$ nano draft.txt
$ ls

OUTPUT

draft.txt

BASH

$ cd ..

Si tratamos de eliminar todo el directorio thesis usando rm thesis, obtenemos un mensaje de error:

BASH

$ rm thesis

ERROR

rm: cannot remove `thesis': Is a directory

Esto ocurre porque rm normalmente trabaja sólo con archivos, no con directorios.

Para realmente deshacernos de thesis también debemos eliminar el archivo draft.txt. Podemos hacer esto con la opción recursiva para rm:

BASH

$ rm -r thesis

Un gran poder conlleva una gran responsabilidad

Eliminar los archivos en un directorio recursivamente puede ser una operación muy peligrosa. Si nos preocupa lo que podríamos eliminar, podemos añadir la opción “interactiva” -i a rm, que nos pedirá confirmar cada paso.

BASH

$ rm -r -i thesis
rm: descend into directory ‘thesis'? y
rm: remove regular file ‘thesis/draft.txt'? y
rm: remove directory ‘thesis'? y

Esto elimina todo el contenido en el directorio y después el directorio mismo, preguntando en cada paso para que se confirme la eliminación.

Vamos a crear el directorio y el archivo una vez más. (Ten en cuenta que esta vez estamos ejecutando nano con la ruta de acceso thesis/draft.txt, en lugar de ir al directorio thesis y ejecutar nano en draft.txt.)

BASH

$ pwd

OUTPUT

/Users/nelle/Desktop/data-shell

BASH

$ mkdir thesis
$ nano thesis/draft.txt
$ ls thesis

OUTPUT

draft.txt

draft.txt no es un nombre particularmente informativo, así que cambiemos el nombre del archivo usando el comando mv, que es la abreviatura de “move” (mover):

BASH

$ mv thesis/draft.txt thesis/quotes.txt

El primer parámetro dice a mv lo que estamos “moviendo”“, mientras que el segundo indica a dónde hay que moverlo. En este caso estamos moviendo thesis/draft.txt a thesis/quotes.txt, que tiene el mismo efecto que cambiar el nombre del archivo. Como esperamos, ls nos muestra que thesis ahora contiene un archivo llamado quotes.txt:

BASH

$ ls thesis

OUTPUT

quotes.txt

Hay que tener cuidado al especificar el nombre del archivo destino, ya que mv remplaza silenciosamente cualquier archivo existente con el mismo nombre, provocando pérdida de datos. Un indicador adicional, mv -i (o mv --interactive), se puede utilizar para hacer que mv te pida confirmación antes de sobrescribir.

Sólo por el gusto de la consistencia, mv también funciona en directorios, es decir, no existe un comando separado mvdir. Vamos a mover quotes.txt al directorio de trabajo actual. Utilizamos mv una vez más, pero esta vez sólo usaremos el nombre de un directorio como el segundo parámetro para indicar a mv que queremos mantener el nombre de archivo, pero poner el archivo en algún lugar nuevo. (es por eso que el comando se llama “mover”.) En este caso, el nombre de directorio que usamos es el nombre de directorio especial . que mencionamos anteriormente.

BASH

$ mv thesis/quotes.txt .

El resultado es mover el archivo desde el directorio en el que estaba en el directorio de trabajo actual. ls ahora nos muestra que thesis está vacío:

BASH

$ ls thesis

Además, ls con un nombre de archivo o un nombre de directorio como parámetro sólo lista ese archivo o directorio. Podemos usar esto para ver que quotes.txt todavía está en nuestro directorio actual:

BASH

$ ls quotes.txt

OUTPUT

quotes.txt

El comando cp funciona muy bien comomv, excepto que copia un archivo en lugar de moverlo. Podemos comprobar que hizo lo correcto usando ls con dos rutas como parámetros — como la mayoría de los comandos Unix, ls puede recibir múltiples rutas a la vez:

BASH

$ cp quotes.txt thesis/quotations.txt
$ ls quotes.txt thesis/quotations.txt

OUTPUT

quotes.txt   thesis/quotations.txt

Para probar que hicimos una copia, eliminemos el archivo quotes.txt del directorio actual y después ejecutemos el mismo ls de nuevo.

BASH

$ rm quotes.txt
$ ls quotes.txt thesis/quotations.txt

ERROR

ls: cannot access quotes.txt: No such file or directory
thesis/quotations.txt

Esta vez el error nos dice que no se puede encontrar quotes.txt en el directorio actual, pero encuentra la copia en thesis que no hemos borrado.

¿Qué hay en un nombre?

Tal vez notaste que todos los nombres de los archivos de Nelle son “algo punto algo”, y en esta parte de la lección, usamos siempre la extensión .txt. Esto es sólo una convención: podemos llamar a un archivo mythesis o casi cualquier cosa que queramos. Sin embargo, la mayoría de la gente usa nombres de dos partes para que sea más fácil (para ellos y sus programas) diferenciar entre tipos de archivos. La segunda parte de este nombre se llama la extensión de nombre de archivo e indica qué tipo de datos contiene el archivo: .txt señala un archivo de texto sin formato, .pdf indica un documento PDF, .cfg es un archivo de configuración lleno de parámetros para algún programa, .png es una imagen PNG, y así sucesivamente.

Esto es sólo una convención, aunque una importante. Los archivos contienen solo bytes: depende de nosotros y de nuestros programas interpretar esos bytes de acuerdo a las reglas para archivos de texto, documentos PDF, archivos de configuración, imágenes, etc.

Nombrar una imagen PNG de una ballena como whale.mp3 no lo convierte mágicamente en una grabación del canto de las ballenas, aunque podría hacer que el sistema operativo intente abrirlo con un reproductor de música cuando alguien hace doble clic en él.

Cambiando el nombre de archivos

Supón que has creado un archivo .txt en tu directorio actual para incluír una lista de las pruebas estadísticas que necesitas hacer para analizar tus datos, y lo llamarás: statstics.txt

Después de crear y guardar este archivo, te das cuenta de que has escrito mal el nombre del archivo. Si deseas corregir el error, ¿cuál de los siguientes comandos podrías utilizar para hacerlo?

1. cp statstics.txt statistics.txt
2. mv statstics.txt statistics.txt
3. mv statstics.txt .
4. cp statstics.txt .

Solución

1. No. Mientras esto crearía un archivo con el nombre correcto, el archivo con nombre incorrecto todavía existiría en el directorio y necesitaría ser borrado.
2. Sí, esto funcionaría para renombrar el archivo.
3. No, el punto (.) indica dónde mover el archivo, pero no proporciona un nuevo nombre de archivo; no pueden crearse nombres de archivo idénticos.
4. No, el punto (.) indica dónde copiar el archivo, pero no proporciona un nuevo nombre de archivo; no pueden crearse nombres de archivo idénticos.

Moviendo y copiando

¿Cuál es la salida del último comando ls en la secuencia que se muestra a continuación?

BASH

$ pwd

OUTPUT

/Users/jamie/data

BASH

$ ls

OUTPUT

proteins.dat

BASH

$ mkdir recombine
$ mv proteins.dat recombine
$ cp recombine/proteins.dat ../proteins-saved.dat
$ ls

1. proteins-saved.dat recombine
2. recombine
3. proteins.dat recombine
4. proteins-saved.dat

Solución

Comenzamos en el directorio /Users/jamie/data y creamos una nueva carpeta llamada recombine. La segunda línea mueve (mv) el archivo proteins.dat a la nueva carpeta (recombine). La tercera línea hace una copia del archivo que acabamos de mover. La parte difícil aquí es en dónde se copió el archivo. Recuerda que .. significa “subir un nivel”, por lo que el archivo copiado ahora está en /Users/jamie. Observa que .. se interpreta con respecto al directorio actual de trabajo, no con respecto a la ubicación del archivo que se está copiando. Por lo tanto, lo único que se mostrará usando ls (en /Users/jamie/data) es la carpeta recombine.

1. No, consulta la explicación anterior. proteins-saved.dat se encuentra en /Users/jamie
2. Sí
3. No, consulta la explicación anterior. proteins.dat se encuentra en/Users/jamie/data/recombine
4. No, consulta la explicación anterior. Proteins-saved.dat se encuentra en/Users/jamie

Organización de directorios y archivos

Jamie está trabajando en un proyecto y nota que sus archivos no están muy bien organizados:

BASH

$ ls -F

OUTPUT

analyzed/  fructose.dat    raw/   sucrose.dat

Los archivos fructose.dat ysucrose.dat contienen la salida de sus análisis. ¿Qué comando(s) cubierto(s) en esta lección necesita ejecutar para que los comandos a continuación produzcan la salida mostrada?

BASH

$ ls -F

OUTPUT

analyzed/   raw/

BASH

$ ls analyzed

OUTPUT

fructose.dat    sucrose.dat

Solución

BASH

mv *.dat analyzed

Jamie necesita mover sus archivos fructose.dat y sucrose.dat al directorio analyzed. La terminal expandirá *.dat para abarcar todos los archivos .dat en el directorio. Después, el comando mv moverá la lista de archivos .dat al directorio “analyzed”.

Copiar con varios archivos

Para este ejercicio puedes probar los comandos del directorio data-shell/data En el ejemplo que sigue, ¿qué hace cp cuando se le dan varios nombres de archivo y un nombre de directorio?:

BASH

$ mkdir backup
$ cp amino-acids.txt animals.txt backup/

En el siguiente ejemplo, ¿qué hace cp cuando se le dan tres o más nombres de archivo?

BASH

$ ls -F

OUTPUT

amino-acids.txt  animals.txt  backup/  elements/  morse.txt  pdb/  planets.txt  salmon.txt  sunspot.txt

BASH

$ cp amino-acids.txt animals.txt morse.txt

Solución

Si se pasa como argumento más de un archivo seguido del nombre de un directorio (siempre que el nombre del directorio sea el último argumento), cp copia los archivos en el directorio especificado.

Si se proveen tres nombres de archivo, cp arroja un error porque espera un nombre de directorio como último argumento.

OUTPUT

cp: target ‘morse.txt' is not a directory

Listado recursivo y por tiempo

El comando ls -R enumera el contenido de los directorios recursivamente, es decir, enumera sus subdirectorios, subdirectorios secundarios, etc. en orden alfabético en cada nivel. El comando ls -t enumera los contenidos de acuerdo a la fecha y hora del último cambio, empezando por los archivos o directorios modificados más recientemente. ¿En qué orden muestra los archivos el comando ls -R -t?

Solución

El comando ls -R enumera los directorios recursivamente en orden cronológico de cada nivel, y los archivos en cada directorio también son desplegados en orden cronológico.

Creación de archivos de una manera diferente

Hemos visto cómo crear archivos de texto usando el editor nano. Ahora, intenta el siguiente comando en tu directorio personal:

BASH

$ cd                  # ir al directorio **home**
$ touch my_file.txt

1. ¿Qué hizo el comando touch? Cuando abre su directorio de inicio con el explorador de archivos GUI, ¿aparece el archivo?

2. Utilice ls -l para inspeccionar los archivos. ¿Qué tan grande es my_file.txt?

3. ¿En que circunstancias desearía crear un archivo de esta manera?

Solución

1. El comando touch genera un nuevo archivo llamado “my_file.txt” en tu directorio home. Si te encuentras en tu directorio home, puedes observar el archivo recién creado utilizando ls en la terminal. También puedes visualizar “my_file.txt” en tu explorados de archivos GUI.
2. Cuando inspeccionas el archivo con “ls -l”, nota que el tamaño de “my_file.txt” es 0 kb. En otras palabras, no contiene dato alguno. Si abres “my_file.txt” en un editor de texto, aparecerá en blanco.
3. Algunos programas no generan nuevos archivos de salida, pero requieren archivos en blanco que ya se hayan generado. Cuando uno de estos programas es ejecutado, automáticamente busca un archivo existente para llenarlo con su salida. El comando touch te permite generar eficientemente archivos en blanco para que este tipo de programas puedan usarlos.

Pasar a la carpeta actual

Después de ejecutar los siguientes comandos, Jamie se da cuenta de que puso los archivos sucrose.dat ymaltose.dat en la carpeta incorrecta:

BASH

$ ls -F
raw/ analyzed/
$ ls -F analyzed
fructose.dat glucose.dat maltose.dat sucrose.dat
$ cd raw/

Rellena los espacios en blanco para mover estos archivos a la carpeta de trabajo (es decir, en la que ella está actualmente):

BASH

$ mv ___/sucrose.dat  ___/maltose.dat ___

Solución

BASH

$ mv ../analyzed/sucrose.dat ../analyzed/maltose.dat .

Recuerda que .. se refiere al directorio padre (es decir, el directorio en el nivel superior al actual) y . se refiere al directorio actual.

Utilizando rm con seguridad

¿Qué ocurre cuando escribimos rm -i thesis/quotations.txt? ¿Por qué querríamos esta protección cuando usamos rm?

Solución

BASH

$ rm: remove regular file 'thesis/quotations.txt'?

La opción -i provocará que se pregunte antes de eliminar un elemento. La terminal de Unix no cuenta con una papelera de reciclaje, así que todos los archivos que sean eliminados desaparecerán para siempre. Por medio de la opción -i tienes la oportunidad de revisar que sólo estés eliminando los archivos que realmente deseas borrar.

Copiar una estructura de carpetas sin archivos

Estás iniciando un nuevo experimento y te gustaría duplicar la estructura de archivos que utilizaste para tu experimento anterior, sin los archivos de datos para que puedas añadir los nuevos datos.

Suponte que la estructura de archivos está en una carpeta llamada ‘2016-05-18-data’, que contiene un directorio data. data a su vez contiene dos carpetas denominadas raw y processed, que contienen archivos de datos. El objetivo es copiar la estructura de archivos de la carpeta 2016-05-18-data en una carpeta llamada 2016-05-20-data y eliminar los archivos de datos de el directorio que acabas de crear.

¿Cuál de los siguientes conjuntos de comandos lograrían este objetivo? ¿Qué harían los otros comandos?

BASH

$ cp -r 2016-05-18-data/ 2016-05-20-data/
$ rm 2016-05-20-data/data/raw/*
$ rm 2016-05-20-data/data/processed/*

BASH

$ rm 2016-05-20-data/raw/*
$ rm 2016-05-20-data/processed/*
$ cp -r 2016-05-18-data/ 2016-5-20-data/

BASH

$ cp -r 2016-05-18-data/ 2016-05-20-data/
$ rm -r -i 2016-05-20-data/

Solución

El primer grupo de comandos logra este objetivo. Primero se crea una copia recursiva de la carpeta data. Después, dos comandos rm eliminan todos los archivos en los directorios especificados. La terminal interpreta el caracter especial * para incluír todos los archivos y subdirectorios.

El segundo grupo de comandos está en el orden incorrecto: intenta borrar archivos que aún no han sido copiados, seguido del comando recursivo que los copiaría.

El tercer grupo de comandos podría lograr el objetivo deseado, pero de una forma muy poco eficiente: el primer comando copia el directorio de forma recursiva, pero el segundo comando borra de forma interactiva, requiriendo confirmación antes de borrar cada archivo y directorio.

Key Points

• cp old new copia un archivo.
• mkdir path crea un nuevo directorio.
• mv old new mueve (renombra) un archivo o directorio.
• rm path elimina un archivo.
• El uso de la tecla Control puede ser descrito de muchas maneras, incluyendoCtrl-X, Control-X y^ X.
• El shell no tiene una papelera de reciclaje o bote de basura: una vez que algo se elimina, se borra completamente.
• Dependiendo del tipo de trabajo que se requiera, puede ser necesario utilizar un editor de textos más poderoso que Nano.

Content from Pipes y filtros

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Overview

Questions

• ¿Cómo puedo combinar comandos existentes para hacer cosas nuevas?

Objectives

• Redireccionar la salida de un comando a un archivo.
• Procesar un archivo en lugar de la entrada de teclado mediante la redirección.
• Construir pipelines de comandos con dos o más etapas.
• Explicar lo que normalmente sucede si un programa o un pipeline no recibe ninguna entrada para procesar.
• Explicar las filosofía de Unix de ‘pequeñas piezas, libremente unidas’.

Ahora que ya sabemos algunos comandos básicos, podemos ver finalmente la característica más poderosa de la terminal: la facilidad con la que nos permite combinar los programas existentes de nuevas maneras. Comenzaremos con un directorio llamado molecules que contiene seis archivos que describen algunas moléculas orgánicas simples. La extensión .pdb indica que estos archivos están en formato Protein Data Bank, un formato de texto simple que especifica el tipo y la posición de cada átomo en la molécula.

BASH

$ ls molecules

OUTPUT

cubane.pdb    ethane.pdb    methane.pdb
octane.pdb    pentane.pdb   propane.pdb

Entra a ese directorio usando el comando cd y ejecuta el comando wc *.pdb. wc es el comando “word count”: cuenta el número de líneas, palabras y caracteres de un archivo. El * en *.pdb coincide con cero o más caracteres, por lo que la terminal convierte *.pdb en una lista de todos los archivos .pdb en el directorio actual:

BASH

$ cd molecules
$ wc *.pdb

OUTPUT

  20  156 1158 cubane.pdb
  12   84  622 ethane.pdb
   9   57  422 methane.pdb
  30  246 1828 octane.pdb
  21  165 1226 pentane.pdb
  15  111  825 propane.pdb
 107  819 6081 total

Caracteres especiales

* Es un caracter especial o wild card. Corresponde a cero o más caracteres, así que *.pdb coincide conethane.pdb, propane.pdb, y cada archivo que termina con ‘.pdb’. Por otro lado, p*.pdb sólo coincide con pentane.pdb ypropane.pdb, porque la ‘p’ al inicio hace coincidir los nombres de archivos que comienzan con la letra ‘p’.

? también es un caracter especial, pero sólo coincide con un solo carácter. Esto significa que p?.pdb podría coincidir con pi.pdb op5.pdb (si existieran en el directorio molecules), pero nopropane.pdb. Podemos usar cualquier número de caracteres especiales a la vez: por ejemplo, p*.p?* coincide con cualquier cosa que comience con una ‘p’ y termine con ‘.’, ‘p’, y al menos un carácter más (ya que ? tiene que coincidir con un carácter, y el final * puede coincidir con cualquier número de caracteres). Por lo tanto, p*.p?* coincidirá con preferred.practice, e incluso p.pi (dado que el primer * no coincide con ningún carácter), pero no quality.practice (ya que no inicia con ‘p’) o preferred.p (porque no hay al menos un carácter después de ‘.p’).

Cuando la terminal reconoce un caracter especial lo expande para crear una lista de nombres de archivo coincidentes antes de ejecutar el comando seleccionado. Como excepción, si una expresión con caracteres especiales no coincide con algún archivo, la terminal pasará la expresión como un parámetro al comando tal y como está escrita. Por ejemplo, ejecutar ls *.pdf en el directoriomolecules (que contiene sólo los archivos con nombres que terminan con .pdb) da como resultado un mensaje de error indicando que no hay ningún archivo llamado * .pdf. Sin embargo, generalmente comandos como wc yls ven las listas de nombres de archivo que coinciden con estas expresiones, pero no los comodines por si solos. Es la terminal, no los otros programas, la que se ocupa de expandir los caracteres especiales, este es otro ejemplo de diseño ortogonal.

Usando caracteres especiales

En el directorio molecules, ¿qué variación del comandols producirá esta salida?

ethane.pdb methane.pdb

1. ls *t*ane.pdb
2. ls *t?ne.*
3. ls *t??ne.pdb
4. ls ethane.*

Solución

La solución es 3.

1. muestra todos los archivos que contienen cualquier número o combinación de caracteres seguidos de la letra t, otro caracter único, y terminan con ane.pdb. Esto incluye octane.pdb y pentane.pdb.

2. muestra todos los archivos que contienen cualquier número o combinación de caracteres, t, otro caracter, ne., seguido de otro número o combinación de caracteres. Esto regresaría octane.pdb y pentane.pdb pero nad que termine con thane.pdb.

3. soluciona el problema de la opción 3 agregando dos caracteres entre t y me. Esta es la opción correcta.

4. sólo muestra archivos que comienzan con ethane..

Si ejecutamos wc -l en lugar dewc, la salida sólo muestra el número de líneas por archivo:

BASH

$ wc -l *.pdb

OUTPUT

  20  cubane.pdb
  12  ethane.pdb
   9  methane.pdb
  30  octane.pdb
  21  pentane.pdb
  15  propane.pdb
 107  total

También podemos usar -w para obtener sólo el número de palabras, o -c para obtener sólo el número de caracteres.

¿Cuál de estos archivos es el más corto? Es una pregunta fácil de responder cuando sólo hay seis archivos, pero ¿y si hubiera 6,000? Nuestro primer paso hacia una solución es ejecutar el comando:

BASH

$ wc -l *.pdb > lengths.txt

El símbolo “mayor que”, >, le dice a la terminal que redireccione la salida del comando a un archivo en lugar de imprimirlo en la pantalla. (Es por eso que no hay salida de pantalla: en vez de mostrarlo, todo lo que wc imprime se ha enviado al archivo lengths.txt.) Si no existe el archivo, la terminal lo creará. Si el archivo existe, será sobrescrito silenciosamente, lo que puede provocar pérdida de datos y, por lo tanto, requiere cierta precaución. ls lengths.txt confirma que el archivo existe:

BASH

$ ls lengths.txt

OUTPUT

lengths.txt

Ahora podemos enviar el contenido de lengths.txt a la pantalla usando cat lengths.txt. cat significa “concatenate” (concatenar): imprime el contenido de los archivos uno tras otro. En este caso sólo hay un archivo, así que cat sólo nos muestra lo que éste contiene:

BASH

$ cat lengths.txt

OUTPUT

  20  cubane.pdb
  12  ethane.pdb
   9  methane.pdb
  30  octane.pdb
  21  pentane.pdb
  15  propane.pdb
 107  total

Salida Página por página

Continuaremos usando cat en esta lección, por conveniencia y consistencia, pero tiene la desventaja de que siempre vuelca todo el archivo en la pantalla. En la práctica es más útil el comando less, que se utiliza como $ less lengths.txt. Este comando muestra sólo el contenido del archivo que cabe en una pantalla y luego se detiene. Puedes avanzar a la siguiente pantalla presionando la barra espaciadora, o retroceder presionando b. Para salir, pulsa q.

Ahora utilizemos el comando sort para ordenar el contenido. También usaremos el indicador -n para especificar que el tipo de orden que requerimos es numérico en lugar de alfabético. Esto no cambia el archivo; sólo despliega el resultado ordenado en la pantalla:

BASH

$ sort -n lengths.txt

OUTPUT

  9  methane.pdb
 12  ethane.pdb
 15  propane.pdb
 20  cubane.pdb
 21  pentane.pdb
 30  octane.pdb
107  total

Podemos poner la lista de líneas ordenada en otro archivo temporal llamado sorted-lengths.txt poniendo > sorted-lengths.txt después del comando, así como usamos > lengths.txt para poner la salida de wc en lengths.txt. Una vez que hayamos hecho eso, podemos ejecutar otro comando llamado head para obtener las primeras líneas de sorted-lengths.txt:

BASH

$ sort -n lengths.txt > sorted-lengths.txt
$ head -n 1 sorted-lengths.txt

OUTPUT

  9  methane.pdb

El parámetro -n 1 con head indica que sólo queremos la primera línea del archivo; -n 20 conseguirá las primeras 20, y así sucesivamente. Dado que sorted-lengths.txt contiene las longitudes de nuestros archivos ordenados de menor a mayor, la salida de head debe ser el archivo con menos líneas.

Redirigiendo al mismo archivo

Es una mala idea intentar redireccionar la salida de un comando que opera en un archivo, al mismo archivo. Por ejemplo:

BASH

$ sort -n lengths.txt > lengths.txt

Hacer algo como esto puede regresar resultados incorrectos y/o eliminar el contenido de lengths.txt.

Si crees que es confuso, no estás solo: incluso una vez que entiendas lo que wc,sort y head hacen, todos esos archivos intermedios hacen difícil seguir el hilo de lo que está pasando. Podemos hacerlo más fácil de entender ejecutando sort y head juntos:

BASH

$ sort -n lengths.txt | head -n 1

OUTPUT

  9  methane.pdb

La barra vertical, |, entre los dos comandos se denomina pipe (pronunciado paip). El pipe le dice a la terminal que queremos usar la salida del comando a la izquierda como entrada al comando de la derecha. La computadora puede crear un archivo temporal si es necesario, copiar datos de un programa a otro en la memoria, o cualquier otra cosa que sea necesaria; no es necesario que lo entendamos para hacerlo funcionar.

Nada nos impide encadenar pipes consecutivamente. Por ejemplo, puedes enviar la salida de wc directamente a sort, y luego la salida resultante a head. Así, primero usamos un pipe para enviar la salida de wc a sort:

BASH

$ wc -l *.pdb | sort -n

OUTPUT

   9 methane.pdb
  12 ethane.pdb
  15 propane.pdb
  20 cubane.pdb
  21 pentane.pdb
  30 octane.pdb
 107 total

Y ahora enviamos la salida de este pipe, a través de otro pipe, a head, para que el pipeline completo se convierta en:

BASH

$ wc -l *.pdb | sort -n | head -n 1

OUTPUT

   9  methane.pdb

Esto es exactamente como un matemático anidando funciones como log(3x) Y diciendo “el logaritmo de tres veces x”. En nuestro caso, el cálculo es “cabeza de la lista ordenada del número de líneas de *.pdb”.

Esto es lo que realmente sucede detrás de la terminal cuando creamos un pipe. Cuando una computadora ejecuta un programa (cualquier programa) crea un proceso en memoria para almacenar el software del programa y su estado actual. Cada proceso tiene un canal de entrada llamado entrada estándar. (Para este punto, puede sorprenderte que el nombre es tan memorable, pero no te preocupes, la mayoría de los programadores de Unix lo llaman “stdin”). Cada proceso también tiene un canal de salida predeterminado llamado salida estándar (o “stdout”). Un tercer canal de salida llamado error estándar (stderr) también existe. Este canal suele utilizarse para mensajes de error o de diagnóstico y permite al usuario canalizar la salida de un programa a otro mientras sigue recibiendo mensajes de error en el terminal.

La terminal es realmente otro programa. Bajo circunstancias normales, lo que ingresemos en el teclado se envía a la entrada estándar de la terminal, y lo que produce en la salida estándar se muestra en nuestra pantalla. Cuando le decimos a la terminal que ejecute un programa, ésta crea un nuevo proceso y envía temporalmente lo que tecleamos en nuestro teclado a la entrada estándar de ese proceso, y lo que el proceso envía a la salida estándar, la terminal lo envía a la pantalla.

Esto es lo que ocurre cuando ejecutamos wc -l *.pdb > lengths.txt. La terminal comienza diciéndole a la computadora que cree un nuevo proceso para ejecutar el programa wc. Como hemos proporcionado algunos nombres de archivo como parámetros, wc lee estos en vez de la entrada estándar. Y puesto que hemos utilizado > para redirigir la salida a un archivo, la terminal conecta la salida estándar del proceso a ese archivo.

Si ejecutamos wc -l *.pdb | sort -n en su lugar, la terminal crea dos procesos (uno para cada proceso en el pipe) de modo que wc ysort funcionan simultáneamente. La salida estándar de wc es alimentada directamente a la entrada estándar de sort; ya que no hay redirección con >, la salida de sort va a la pantalla. Y si ejecutamos wc -l * .pdb | sort -n | head -n 1, obtenemos tres procesos con datos que fluyen de los archivos, a través de wc a sort, de sort ahead y finalmente a la pantalla.

Esta sencilla idea es la razón por la cual Unix ha tenido tanto éxito. En lugar de crear enormes programas que tratan de hacer muchas cosas diferentes, los programadores de Unix se centran en crear muchas herramientas simples que hacen bien su trabajo y son capaces de cooperar entre sí. Este modelo de programación se llama “pipes y filtros”. Ya hemos visto pipes; un filtro es un programa como wc osort que transforma una entrada en una salida. Casi todas las herramientas estándar de Unix pueden funcionar de esta manera: a menos que se les indique lo contrario, leen de entrada estándar, hacen algo con lo que han leído, y escriben en la salida estándar.

La clave es que cualquier programa que lea líneas de texto de entrada estándar y escriba líneas de texto en la salida estándar puede combinarse con cualquier otro programa que se comporte de esta manera también. Puedes y debes escribir tus programas de esta manera para que tú y otras personas puedan poner esos programas en pipes y así multiplicar su poder.

Redireccionamiento de entrada

Además de usar > para redirigir la salida de un programa, podemos usar < para redirigir su entrada, por ejemplo, para leer un archivo en lugar de la entrada estándar. En lugar de escribir wc ammonia.pdb, podríamos escribir wc < ammonia.pdb. En el primer caso, wc obtiene un parámetro de línea de comandos diciéndole qué archivo abrir. En el segundo, wc no tiene ningun parámetro de la línea de comandos, por lo que se lee desde la entrada estándar, pero hemos indicado al shell que envíe el contenido de ammonia.pdb a la entrada estándar de wc, por lo que el resultado de ambos comandos es el mismo.

Pipeline de Nelle: Comprobación de archivos

---

Nelle ha procesado sus muestras en su máquina de ensayo, generando 17 archivos en el directorio north-pacific-gyre/2012-07-03 descrito anteriormente. Como un chequeo rápido, a partir de su directorio de inicio, Nelle teclea:

BASH

$ cd north-pacific-gyre/2012-07-03
$ wc -l *.txt

La salida son 18 líneas que como estas:

OUTPUT

300 NENE01729A.txt
300 NENE01729B.txt
300 NENE01736A.txt
300 NENE01751A.txt
300 NENE01751B.txt
300 NENE01812A.txt
... ...

Ahora escribe esto:

BASH

$ wc -l *.txt | sort -n | head -n 5

OUTPUT

 240 NENE02018B.txt
 300 NENE01729A.txt
 300 NENE01729B.txt
 300 NENE01736A.txt
 300 NENE01751A.txt

Ups: uno de los archivos tiene 60 líneas menos que los otros. Cuando Nelle vuelve y lo revisa ve que hizo ese ensayo a las 8:00 un lunes por la mañana. Alguien probablemente usó la misma máquina ese fin de semana, y olvidó reiniciarla. Antes de volver a analizar esa muestra, decide comprobar si algunos archivos tienen demasiados datos:

BASH

$ wc -l *.txt | sort -n | tail -n 5

OUTPUT

 300 NENE02040B.txt
 300 NENE02040Z.txt
 300 NENE02043A.txt
 300 NENE02043B.txt
5040 total

Esas cifras parecen buenas pero, ¿qué es esa ‘Z’ en la antepenúltima línea? todas sus muestras deben estar marcadas con “A” o “B”; por convención, su laboratorio utiliza ‘Z’ para indicar muestras con información que falta. Para encontrar a otros archivos como este, Nelle hace lo siguiente:

BASH

$ ls *Z.txt

OUTPUT

NENE01971Z.txt    NENE02040Z.txt

Como esperaba, cuando comprueba el registro en su computadora portátil, no hay profundidad registrada para ninguna de esas muestras. Ya que es demasiado tarde para obtener la información de otra manera, ella debe excluir esos dos archivos de su análisis. Podría simplemente borrarlos usando rm, pero en realidad hay algunos análisis que podría hacer más tarde, donde la profundidad no importa, por lo que, en vez de borrarlos, sólo tendrá cuidado al seleccionar archivos utilizando la expresión con caracteres especiales *[AB].txt. Como siempre, el * coincide con cualquier número de caracteres; la expresión [AB] coincide con una ‘A’ o una ‘B’, por lo que coincide con los nombres de todos los archivos de datos válidos que tiene.

¿Qué hace sort -n?

Si ejecutamos sort en este archivo:

10
2
19
22
6

la salida es:

OUTPUT

10
19
2
22
6

Si ejecutamos sort -n en la misma entrada, obtendremos esto en su lugar:

OUTPUT

2
6
10
19
22

Explique por qué -n tiene este efecto.

Solución

La opción -n indica un ordenamiento numérico, en lugar de alfabético.

¿Qué significa <?

Muévete al directorio data-shell (el directorio en el nivel más alto del ejemplo).

¿Cuál es la diferencia entre:

BASH

$ wc -l notes.txt

y:

BASH

$ wc -l < notes.txt

Solución

< se usa para redirigir la entrada a un comando.

En los dos ejemplos, la terminal regresa el número de líneas en la entrada al comando wc. En el primer ejemplo, la entrada es el archivo notes.txt y el nombre del archivo se menciona en la salida del comando wc. En el segundo ejemplo, el contenido del archivo notes.txt es redireccionado a la entrada estándar. Es como si hubiéramos introducido el contenido del archivo a mano. Por esto, el nombre del archivo no es especificado en la salida, sólo el número de líneas. Inténtalo por tu cuenta.

BASH

$ wc -l
this
is
a test
Ctrl-D # Esto le indica a la terminal que has terminado de teclear la entrada.

OUTPUT

3

¿Qué significa >>?

Hemos visto el uso de > pero hay un operador similar >> que funciona un poco distinto. Aprenderemos sobre la diferencia de estos comandos impriendo algunas cadenas de caracteres. Podemos usar el comando echo para imprimir cadenas de caracteres, e.g.:

BASH

$ echo El comando echo imprime el texto

OUTPUT

El comando echo imprime el texto

Ahora prueba los comandos siguientes para revelar la diferencia entre los dos operadores.

¿Cuál es la diferencia entre:

Challenge

BASH

$ echo hello > testfile01.txt

y:

BASH

$ echo hello >> testfile02.txt

Pista: Intenta ejecutar cada comando dos veces seguidas y después examinar los archivos de salida.

Más información sobre caracteres especiales

Sam tiene un directorio que contiene datos de calibración, otros datos y descripciones de estos datos:

BASH

2015-10-23-calibration.txt
2015-10-23-dataset1.txt
2015-10-23-dataset2.txt
2015-10-23-dataset_overview.txt
2015-10-26-calibration.txt
2015-10-26-dataset1.txt
2015-10-26-dataset2.txt
2015-10-26-dataset_overview.txt
2015-11-23-calibration.txt
2015-11-23-dataset1.txt
2015-11-23-dataset2.txt
2015-11-23-dataset_overview.txt

Antes de ir a otro viaje de campo, Sam quiere respaldar sus datos y enviar algunos datasets a su colega Bob. Sam utiliza los siguientes comandos para lograrlo:

BASH

$ cp *dataset* /backup/datasets
$ cp ____calibration____ /backup/calibration
$ cp 2015-____-____ ~/send_to_bob/all_november_files/
$ cp ____ ~/send_to_bob/all_datasets_created_on_a_23rd/

Ayuda a Sam rellenando los espacios en blanco.

Solución

BASH

$ cp *calibration.txt /backup/calibration
$ cp 2015-11-* ~/send_to_bob/all_november_files/
$ cp *-23-dataset* ~send_to_bob/all_datasets_created_on_a_23rd/

Uniendo comandos con pipes

En nuestro directorio actual, queremos encontrar los 3 archivos que tienen el menor número de líneas. ¿Cuál de los siguientes comandos funcionaría?

1. wc -l * > sort -n > head -n 3
2. wc -l * | sort -n | head -n 1-3
3. wc -l * | head -n 3 | sort -n
4. wc -l * | sort -n | head -n 3

Solución

La solución es la opción 4. El caracter de pipe | es usado para alimentar la entrada estándar de un proceso con la salida estándar del anterior. > es utilizado para redirigir la salida estándar a un archivo. ¡Inténtalo en el directorio data-shell/molecules!

¿Por qué uniq sólo elimina duplicados adyacentes?

El comando uniq elimina las líneas duplicadas adyacentes de su entrada. Por ejemplo, el archivo data-shell/salmon.txt contiene:

coho
coho
steelhead
coho
steelhead
steelhead

El comando uniq salmon.txt del directorio data-shell/data produce:

OUTPUT

coho
steelhead
coho
steelhead

¿Por qué crees que uniq sólo elimina líneas adyacentes duplicadas? (Pista: piensa en datasets muy largos.) ¿Qué otro comando podría combinarse con él en un pipe para eliminar todas las líneas duplicadas?

Solución

BASH

$ sort salmon.txt | uniq

Comprensión de la lectura de pipes

Un archivo llamado animals.txt (en el directorio data-shell/data) contiene los siguientes datos:

2012-11-05,deer
2012-11-05,rabbit
2012-11-05,raccoon
2012-11-06,rabbit
2012-11-06,deer
2012-11-06,fox
2012-11-07,rabbit
2012-11-07,bear

¿Qué texto pasa a través de cada uno de los pipes y qué incluye el redireccionamiento final en el siguiente pipeline?

BASH

$ cat animals.txt | head -n 5 | tail -n 3 | sort -r > final.txt

Pista: construye el pipeline agregando un comando a la vez para comprobar tu respuesta.

Construcción de Pipes

Para el archivo animals.txt del ejercicio anterior, el comando:

BASH

$ cut -d , -f 2 animals.txt

produce la siguiente salida:

OUTPUT

deer
rabbit
raccoon
rabbit
deer
fox
rabbit
bear

¿Qué otro(s) comando(s) podría(n) agregarse a estos en un pipeline para encontrar qué animales contiene el archivo (sin nombres duplicados)?

Solución

BASH

$ cut -d , -f 2 animals.txt | sort | uniq

Eliminación de archivos innecesarios

Suponte que deseas borrar tus archivos de datos procesados y sólo conservar los archivos sin procesar y el script de procesamiento para ahorrar espacio en disco. Los archivos sin procesar terminan en .dat y los archivos procesados terminan en .txt. ¿Cuál de las siguientes opciones eliminaría todos los archivos de datos procesados, y nada más que los archivos de datos procesados?

1. rm ?.txt
2. rm *.txt
3. rm * .txt
4. rm *.*

Solución

1. Esto eliminaría archivos con terminación .txt y nombres de un caracter.
2. Esta es la respuesta correcta.
3. La terminal expandiría el * para coincidir con todo el directorio actual, así que el comando intentaría eliminar todos los archivos, más un archivo adicional llamado .txt.
4. La terminal expandiría *.* para coincidir con todos los archivos, independientemente de su terminación. Este comando eliminaría todos los archivos.

Expresiones con Caracteres Especiales

Las expresiones con caracteres especiales pueden llegar a ser muy complejas, sin embargo a veces es posible escribirlas de forma que utilicen una sintaxis muy sencilla y sean un poco más elocuentes. Considera el directorio data-shell/north-pacific-gyre/2012-07-03 : la expresión *[AB].txt coincide con todos los archivos que terminan en A.txt o B.txt. Imagina que ignoras esto.

1. ¿Podrías hacer coincidir el mismo set de archivos con una expresión que incluya caracteres especiales, pero no []? Pista: Podrías necesitar más de una expresión.

2. La expresión que encontraste y la expresión usada en la lección coinciden con el mismo grupo de archivos en el ejemplo. ¿Puedes identificar la ligera diferencia en la salida de ambos comandos?

3. ¿Bajo qué circunstancias tu nueva expresión produciría un mensaje de error y la expresión original no?

Solución

BASH

...
$ ls *A.txt
$ ls *B.txt
...

2. La salida de la nueva expresión aparece separada porque son dos comandos independientes.

3. Cuando no haya archivos que terminen en A.txt, o en B.txt.

¿Qué tubería?

El archivo data-shell/data/animals.txt contiene 586 líneas de datos en el siguiente formato:

OUTPUT

2012-11-05,deer
2012-11-05,rabbit
2012-11-05,raccoon
2012-11-06,rabbit
...

Asumiendo que tu directorio actual sea data-shell/data/, ¿qué comando usarías para producir una tabla que muestre el recuento total de cada tipo de animal en el archivo?

1. grep {deer, rabbit, raccoon, deer, fox, bear} animals.txt | wc -l
2. sort animals.txt | uniq -c
3. sort -t, -k2,2 animals.txt | uniq -c
4. cut -d, -f 2 animals.txt | uniq -c
5. cut -d, -f 2 animals.txt | sort | uniq -c
6. cut -d, -f 2 animals.txt | sort | uniq -c | wc -l

Solución

La opción 5 es la respuesta correcta. Si se te dificulta entender por qué, intenta probar los comandos, o las subsecciones de los pipelines (sólo asegúrate de estar en el directorio data-shell/data).

Adición de datos

Considera el archivo animals.txt, utilizado en el ejercicio anterior. Después de estos comandos, selecciona la respuesta que describe el contenido del archivo animalsUpd.txt:

BASH

$ head -3 animals.txt > animalsUpd.txt
$ tail -2 animals.txt >> animalsUpd.txt

1. Las tres primeras líneas de animals.txt
2. Las dos últimas líneas de animals.txt
3. Las tres primeras líneas y las dos últimas líneas de animals.txt
4. La segunda y tercera líneas de animals.txt

Solución

La opción 3 es la correcta. Para que la opción 1 fuera correcta tendríamos que haber ejecutado sólo el comando head. Para que la opción 2 fuera correcta tendríamos que haber ejecutado sólo el comando tail. Para que la opción 4 fuera correcta tendríamos que haber usado un pipe para enviar la salida de head a tail -2 de esta forma: head -3 animals.txt | tail -2 >> animalsUpd.txt

Key Points

• cat muestra el contenido de sus entradas.
• head muestra las primeras líneas de su entrada.
• tail muestra las últimas líneas de su entrada.
• sort ordena sus entradas.
• wc cuenta líneas, palabras y caracteres en sus entradas.
• * coincide con cero o más caracteres en un nombre de archivo, por lo que*.txt coincide con todos los archivos que terminan en .txt.
• ? Coincide con un solo carácter en un nombre de archivo, así que ?.txt coincide con a.txt pero no any.txt.
• command > file redirige la salida de un comando a un archivo.
• first | second es un pipeline: la salida del primer comando se utiliza como entrada para el segundo.
• La mejor manera de usar la terminal es utilizar pipes para combinar programas sencillos de propósito único (filtros).

Content from Bucles

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Overview

Questions

• ¿Cómo puedo realizar las mismas acciones en varios archivos diferentes?

Objectives

• Escribir un bucle que aplique uno o más comandos por separado a cada archivo de un conjunto de archivos.
• Rastrear los valores tomados por una variable de bucle durante la ejecución del bucle.
• Explicar la diferencia entre el nombre de una variable y su valor.
• Explicar por qué los espacios y algunos caracteres de puntuación no deben usarse en nombres de archivo.
• Demostrar cómo ver qué comandos han sido ejecutados recientemente.
• Volver a ejecutar comandos ejecutados recientemente sin volver a escribirlos.

Los bucles (loops en inglés) son fundamentales para mejorar la productividad a través de la automatización, ya que nos permiten ejecutar comandos de forma repetitiva. Al igual que los caracteres especiales y el autocompletado, el uso de bucles también reduce la cantidad de tecleo (y los errores de escritura/dedo). Suponte que tenemos varios cientos de archivos con datos genómicos denominados basilisk.dat,unicorn.dat y así sucesivamente. En este ejemplo, usaremos el directorio creatures que sólo tiene dos archivos de ejemplo, pero los principios se pueden aplicar a muchos más archivos a la vez. Nos gustaría modificar estos archivos, pero también guardar una versión de los archivos originales, nombrando las copias original-basilisk.dat yoriginal-unicorn.dat. No podemos usar:

BASH

$ cp *.dat original-*.dat

Porque se expandiría a:

BASH

$ cp basilisk.dat unicorn.dat original-*.dat

Esto no respalda nuestros archivos, en su lugar obtenemos un error:

ERROR

cp: target `original-*.dat' is not a directory

Este problema surge cuando cp recibe más de dos argumentos de entrada. Cuando esto sucede, espera que la última entrada sea un directorio donde pueda copiar todos los archivos que se le pasaron. Dado que no existe ningún directorio denominado original-*.fasta en el directorio creatures, se genera un error.

En cambio, podemos usar un bucle para ejecutar una operación a la vez sobre cada cosa en una lista. Aquí un ejemplo sencillo que muestra las tres primeras líneas de cada archivo de una sola vez:

BASH

$ for filename in basilisk.dat unicorn.dat
> do
>    head -n 3 $filename
> done

OUTPUT

COMMON NAME: basilisk
CLASSIFICATION: basiliscus vulgaris
UPDATED: 1745-05-02
COMMON NAME: unicorn
CLASSIFICATION: equus monoceros
UPDATED: 1738-11-24

Cuando la terminal reconoce la palabra clave for, sabe que debe repetir un comando (o grupo de comandos) una vez para cada elemento de una lista. Cada vez que el bucle se ejecuta (llamada iteración), un elemento de la lista es asignado secuencialmente a una variable, los comandos dentro del bucle se ejecutan antes de pasar al siguiente elemento de la lista. Dentro del bucle, pedimos el valor de la variable poniendo $ delante de ella. El $ le dice al intérprete de la terminal que trate la variable como un nombre de variable y substituya su valor, en lugar de tratarlo como texto o como un comando externo.

En este ejemplo, la lista tiene dos nombres de archivo: basilisk.dat yunicorn.dat. Cada vez que el bucle se itera, asignará un nombre de archivo a la variable filename y ejecutará el comando head. La primera vez en el bucle, $filename esbasilisk.dat. El intérprete ejecuta el comando head en basilisk.dat, e imprime las primeras tres líneas de basilisk.dat. Para la segunda iteración, $filename se convierte en unicorn.dat. Esta vez, la terminal ejecuta head enunicorn.dat e imprime las tres primeras líneas de unicorn.dat. Dado que la lista era sólo de dos elementos, la terminal sale del bucle for.

Cuando se utilizan variables, también es posible poner sus nombres en llaves para delimitar claramente el nombre de la variable: $filename es equivalente a${filename}, pero es diferente de ${file}name. Puede ser que encuentres esta notación en programas escritos por otras personas.

Siga las instrucciones

El prompt de la terminal cambia de $ a > y de nuevo a $ conforme escribimos nuestro bucle. El segundo prompt, >, es diferente para recordarnos que todavía no hemos terminado de escribir un comando completo. Un punto y coma, ;, se puede utilizar para separar dos comandos escritos en una sola línea.

Los mismos símbolos, diferentes significados

Aquí vemos > siendo utilizado como un prompt de la terminal, mientras que > también se utiliza para redirigir la salida de un comando. De forma similar, $ se utiliza como prompt de la terminal, pero como vimos antes, también se utiliza para pedir que la terminal obtenga el valor de una variable.

Si la terminal imprime > o $ entonces espera que escribas algo, y el símbolo es un prompt.

Si tú escribes > o $, es una instrucción de ti para la terminal indicándole redirigir la salida o obtener el valor de una variable.

Hemos llamado a la variable en este bucle filename con el fin de hacer su propósito más claro para los lectores humanos. A la terminal no le importa el nombre de la variable; si escribimos este bucle como:

BASH

for x in basilisk.dat unicorn.dat
do
    head -n 3 $x
done

or:

BASH

for temperature in basilisk.dat unicorn.dat
do
    head -n 3 $temperature
done

Funcionaría exactamente de la misma manera. No lo hagas así. Los programas sólo son útiles si la gente puede entenderlos, nombres crípticos (como x) o nombres engañosos (comotemperature) aumentan las probabilidades de que el programa no haga lo que sus lectores piensan que hace.

He aquí un bucle un poco más complicado:

BASH

for filename in *.dat
do
    echo $filename
    head -n 100 $filename | tail -n 20
done

La terminal comienza expandiendo *.dat para crear la lista de archivos que procesará. Después de esto, el cuerpo del bucle ejecuta dos comandos para cada uno de esos archivos. El primero, echo, simplemente imprime sus parámetros de línea de comandos a la salida estándar. Por ejemplo:

BASH

$ echo hello there

regresa:

OUTPUT

hello there

En este caso, ya que la terminal expande $filename para que sea el nombre de un archivo, echo $filename sólo imprime el nombre del archivo. Ten en cuenta que no podemos escribir esto como:

BASH

for filename in *.dat
do
    $filename
    head -n 100 $filename | tail -n 20
done

porque entonces la primera vez a través del bucle, cuando $filename se expande a basilisk.dat, la terminal intentará ejecutar basilisk.dat como un programa. Finalmente, la combinación head y tail selecciona las líneas 81-100 de cualquier archivo que se esté procesando (suponiendo que el archivo tiene al menos 100 líneas).

Espacios en los nombres

El espacio en blanco se utiliza para separar los elementos de la lista que vamos a usar en el bucle. Si en la lista tenemos elementos con espacios en blanco necesitamos entrecomillar esos elementos y nuestra variable al usarlo. Supongamos que nuestros archivos de datos se llaman:

red dragon.dat
purple unicorn.dat

Necesitamos usar

BASH

for filename in "red dragon.dat" "purple unicorn.dat"
do
    head -n 100 "$filename" | tail -n 20
done

Es más sencillo simplemente evitar el uso de espacios en blanco (u otros caracteres especiales) en los nombres de archivo.

Los archivos mencionados no existen, si corremos el código del último ejemplo, el comando head será incapaz de encontrarlos, sin embargo el mensaje de error regresará el nombre de los archivos que espera:

OUTPUT

head: cannot open ‘red dragon.dat' for reading: No such file or directory
head: cannot open ‘purple unicorn.dat' for reading: No such file or directory

Intenta remover las comillas en $filename en el bucle anterior para observar el efecto de las comillas en los espacios en blanco:

OUTPUT

head: cannot open ‘red' for reading: No such file or directory
head: cannot open ‘dragon.dat' for reading: No such file or directory
head: cannot open ‘purple' for reading: No such file or directory
head: cannot open ‘unicorn.dat' for reading: No such file or directory

Volviendo a nuestro problema original de copia de archivos, Podemos resolverlo usando este bucle:

BASH

for filename in *.dat
do
    cp $filename original-$filename
done

Este bucle ejecuta el comando cp una vez para cada nombre de archivo. La primera vez, cuando $filename se convierte en basilisk.dat, la terminal ejecuta:

BASH

cp basilisk.dat original-basilisk.dat

La segunda vez, el comando es:

BASH

cp unicorn.dat original-unicorn.dat

Como el comando cp no produce una salida normalmente, es difícil verificar que el bucle está funcionando de forma correcta. Al antecederle echo es posibe ver cada comando como sería ejecutado. El siguiente diagrama muestra lo que sucede cuando el código modificado es ejecutado, y demuestra cómo el uso de echo es una práctica útil.

Pipeline de Nelle: Procesando Archivos

---

Nelle ahora está lista para procesar sus archivos de datos. Dado que todavía está aprendiendo cómo utilizar la terminal, decide construir los comandos requeridos en etapas. Su primer paso es asegurarse de que puede seleccionar los archivos correctos (recuerda, aquellos cuyos nombres terminan en ‘A’ o ‘B’, en lugar de ‘Z’). Posicionada en su directorio home, Nelle teclea:

BASH

$ cd north-pacific-gyre/2012-07-03
$ for datafile in NENE*[AB].txt
> do
>     echo $datafile
> done

OUTPUT

NENE01729A.txt
NENE01729B.txt
NENE01736A.txt
...
NENE02043A.txt
NENE02043B.txt

Su siguiente paso es decidir cómo llamar a los archivos que creará el programa de análisis goostats. Prefijar el nombre de cada archivo de entrada con “stats” parece simple, así que modifica su bucle para hacer eso:

BASH

$ for datafile in NENE*[AB].txt
> do
>     echo $datafile stats-$datafile
> done

OUTPUT

NENE01729A.txt stats-NENE01729A.txt
NENE01729B.txt stats-NENE01729B.txt
NENE01736A.txt stats-NENE01736A.txt
...
NENE02043A.txt stats-NENE02043A.txt
NENE02043B.txt stats-NENE02043B.txt

Ella todavía no ha ejecutado goostats, pero ahora está segura de que puede seleccionar los archivos correctos y generar los nombres de archivo de salida correctos.

Escribir comandos una y otra vez es cada vez más tedioso, y a Nelle le preocupa cometer errores, así que en lugar de volver a crear su bucle, presiona la flecha hacia arriba. En respuesta, la terminal vuelve a mostrar el bucle completo en una línea (usando puntos y comas para separar las piezas):

BASH

$ for datafile in NENE*[AB].txt; do echo $datafile stats-$datafile; done

Utilizando la tecla de flecha izquierda, Nelle realiza una copia de seguridad y cambia el comando echo a bash goostats:

BASH

$ for datafile in NENE*[AB].txt; do bash goostats $datafile stats-$datafile; done

Cuando presiona Enter, la terminal ejecuta el comando modificado. Sin embargo, nada parece suceder porque no hay salida. Después de un momento, Nelle se da cuenta de que, ya que su script no imprime nada a la pantalla, no tiene ni idea de si está funcionando, y mucho menos con qué rapidez. Mata el comando de ejecución escribiendo Ctrl-C, e utiliza la flecha hacia arriba para repetir el comando, y lo edita para que se vea así:

BASH

$ for datafile in NENE*[AB].txt; do echo $datafile; bash goostats $datafile stats-$datafile; done

Principio y Fin

Podemos pasar al principio de una línea en la terminal escribiendo Ctrl-A y al final usando Ctrl-E.

Ahora, cuando ejecuta su programa, produce una línea de salida cada cinco segundos aproximadamente:

OUTPUT

NENE01729A.txt
NENE01729B.txt
NENE01736A.txt
...

1518 veces 5 segundos, dividido entre 60, le dice que su script tomará alrededor de dos horas en terminar de analizar todos los archivos. Como un chequeo final, abre otra ventana de terminal, entra en north-pacific-gyre/2012-07-03, e utiliza cat stats-NENE01729B.txt para examinar uno de los archivos de salida. Se ve bien, así que decide tomarse un café y ponerse al día con su lectura.

Aquellos que conocen la historia pueden elegir repetirla

Otra forma de repetir el trabajo anterior es usar el comando history para obtener una lista de los últimos cientos de comandos que se han ejecutado, y usar !123 (donde” 123 “es reemplazado por el número de comando) para repetir uno de esos comandos. Por ejemplo, si Nelle escribe esto:

BASH

$ history | tail -n 5

OUTPUT

  456  ls -l NENE0*.txt
  457  rm stats-NENE01729B.txt.txt
  458  bash goostats NENE01729B.txt stats-NENE01729B.txt
  459  ls -l NENE0*.txt
  460  history

Entonces puede volver a ejecutar goostats enNENE01729B.txt simplemente escribiendo !458.

Otros comandos del historial

Existen otros comandos de acceso directo para acceder al historial:

• Ctrl-R permite buscar en el historial en un modo denominado “búsqueda reversa” (“reverse-i-search” en inglés), que permite buscar el comando más reciente en tu historial que coincide con el texto que introduzcas a continuación. Presionar Ctrl-R una o más veces adicionales permite buscar coincidencias más antiguas.
• !! recupera el comando anterior inmediato (puedes ser que esto te parezca más conveniente que usar la flecha hacia arriba).
• !$ recupera la última palabra del último comando. Esto es más útil de lo que pensarías: después de bash goostats NENE01729B.txt stats-NENE01729B.txt, puedes teclear less !$ para ver el archivo NENE01729B.txt, que es más rápido que utilizar la flecha hacia arriba y editar el comando.

Variables en bucles

En el directorio data-shell/molecules, ls regresa la siguiente salida:

OUTPUT

cubane.pdb  ethane.pdb  methane.pdb  octane.pdb  pentane.pdb  propane.pdb

¿Cuál es la salida del siguiente código?:

BASH

for datafile in *.pdb
do
    ls *.pdb
done

Ahora, ¿cuál es la salida de este código?:

BASH

for datafile in *.pdb
do
    ls $datafile
done

¿Por qué estos dos bucles dan resultados diferentes?

Solución

El primer bloque de código regresa la misma salida en cada iteración del bucle. La terminal expande el caracter especial *.pdb en el cuerpo del bucle (y al principio del mismo) para coincidir con todos los archivos que terminan en .pdb, y los enumera utilizando ls. El bucel expandido se vería así:

BASH

for datafile in cubane.pdb  ethane.pdb  methane.pdb  octane.pdb  pentane.pdb  propane.pdb
do
ls cubane.pdb  ethane.pdb  methane.pdb  octane.pdb  pentane.pdb  propane.pdb
done

OUTPUT

cubane.pdb  ethane.pdb  methane.pdb  octane.pdb  pentane.pdb  propane.pdb
cubane.pdb  ethane.pdb  methane.pdb  octane.pdb  pentane.pdb  propane.pdb
cubane.pdb  ethane.pdb  methane.pdb  octane.pdb  pentane.pdb  propane.pdb
cubane.pdb  ethane.pdb  methane.pdb  octane.pdb  pentane.pdb  propane.pdb
cubane.pdb  ethane.pdb  methane.pdb  octane.pdb  pentane.pdb  propane.pdb
cubane.pdb  ethane.pdb  methane.pdb  octane.pdb  pentane.pdb  propane.pdb

El segundo bloque de código enumera a un archivo distinto en cada iteración. El valor de la variable datafile es evaluado usando $datafile y después enumerado usando ls.

OUTPUT

cubane.pdb
ethane.pdb
methane.pdb
octane.pdb
pentane.pdb
propane.pdb

Guardar en un archivo dentro de un bucle - Primera parte

En el mismo directorio, ¿cuál es el efecto de este bucle?

BASH

for alkanes in *.pdb
do
    echo $alkanes
    cat $alkanes > alkanes.pdb
done

1. Imprime cubane.pdb, ethane.pdb, methane.pdb, octane.pdb, pentane.pdb y propane.pdb, y el texto de propane.pdb se guarda en un archivo llamado alkanes.pdb.
2. Imprime cubane.pdb, ethane.pdb, methane.pdb, y concatena el texto de los tres archivos en un archivo llamado alkanes.pdb.
3. Imprime cubane.pdb, ethane.pdb, methane.pdb, octane.pdb y pentane.pdb, y guarda el texto de propane.pdb en un archivo llamado alkanes.pdb.
4. Ninguna de las anteriores.

Solución

1. El texto de cada archivo se escribe (uno a la vez) en alkanes.pdb. Sin embargo, el archivo se sobrescribe en cada iteración del bucle, por lo que el contenido final de alkanes.pdb es sólo el texto proveniente de propane.pdb.

Guardar en un archivo en un bucle - Segunda parte

En el mismo directorio, ¿cuál sería la salida del siguiente bucle?

BASH

for datafile in *.pdb
do
   cat $datafile >> all.pdb
done

1. Todo el texto de cubane.pdb, ethane.pdb, methane.pdb, octane.pdb y pentane.pdb sería concatenado y guardado en un archivo llamado all.pdb.
2. El texto de ethane.pdb se guardará en un archivo llamado all.pdb.
3. Todo el texto de cubane.pdb, ethane.pdb, methane.pdb, octane.pdb, pentane.pdb y propane.pdb sería concatenado y guardado en un archivo llamado all.pdb.
4. Todo el texto de cubane.pdb, ethane.pdb, methane.pdb, octane.pdb, pentane.pdb y propane.pdb se imprimirá en pantalla y será salvado en un archivo llamado all.pdb.

Solución

La opción correcta es 3. >> concatena en un archivo, en lugar de sobrescribirlo con la salida del comando. Dado que la salida del comando cat ha sido redirigida, nada se imprime en pantalla.

Limitación de conjuntos de archivos

En el mismo directorio, ¿cuál sería la salida del siguiente bucle?:

BASH

for filename in c*
do
    ls $filename 
done

1. No se muestra ningún archivo.
2. Todos los archivos son enumerados.
3. Sólo se enumeran cubane.pdb, octane.pdb y pentane.pdb.
4. Sólamente se enumera cubane.pdb.

Solución

La respuesta correcta es 4. * coincide con cero o más caracteres, así que cualquier nombre que comience con la letra c, seguida de cero o más caracteres, coincidirá con el comando

Limitación de conjuntos de archivos (continued)

¿Cómo diferiría el resultado si usáramos el siguiente comando en lugar del anterior?

BASH

for filename in *c*
do
    ls $filename 
done

1. Se listarían los mismos archivos.
2. Esta vez se enumerarían todos los archivos.
3. Esta vez no enumeraría ningún archivo.
4. Sólo se enumeraría el archivo octane.pdb.

Solución

La respuesta correcta es 4. * coincide con cero o más caracteres, por lo que la expresión *c* coincidirá con un nombre de archivo con cero o más caracteres antes de la letra c, y cero o más caracteres después de la letra c.

Haciendo una ejecución “en seco” (dry-run)

Un bucle es una forma de hacer muchas cosas a la vez, o de cometer muchos errores a la vez si se diseña de forma incorrecta. Una manera de comprobar lo que un bucle hará es usar el comando echo. En lugar de ejecutar los comandos, los mostrará en pantalla.

Supongamos que queremos obtener una vista previa de los comandos que ejecutará el siguiente bucle, sin ejecutarlos realmente:

BASH

for file in *.pdb
do
  analyze $file > analyzed-$file
done

¿Cuál es la diferencia entre los dos bucles abajo, y cuál deberíamos usar?

BASH

# Version 1
for file in *.pdb
do
  echo analyze $file > analyzed-$file
done

BASH

# Version 2
for file in *.pdb
do
  echo "analyze $file > analyzed-$file"
done

Solución

La versión que querríamos utilizar es la 2. Esta versión imprime en pantalla todo lo entrecomillado, expandiendo la variable del bucle porque incluye el signo $ como prefijo.

La versión 1 redirige la salida del comando echo analyze $file a un archivo, analyzed-$file. Es decir, se genera una serie de archivos: analyzed-cubane.pdb, analyzed-ethane.pdb, etc.

Prueba ambas versiones en tu terminal para ver la salida. Asegúrate de abrir los archivos analyzed-*.pdb para ver su contenido.

Bucles anidado

Suponte que queremos configurar una estructura de directorios para organizar algunos experimentos que miden constantes de velocidad de reacción que involucran distintos compuestos y distintas temperaturas. ¿Cuál sería el resultado del siguiente código?:

BASH

for species in cubane ethane methane
do
    for temperature in 25 30 37 40
    do
        mkdir $species-$temperature
    done
done

Solución

Tenemos un bucle anidado, es decir, un bucle dentro de otro bucle: para cada specie del bucle exterior, el bucle interior (el bucle anidado) itera sobre la lista de temperaturas y crea un nuevo directorio para cada combinación.

¡Intenta ejecutar el código para descubrir qué directorio se crean!

Key Points

• Un bucle for repite comandos una vez para cada elemento de una lista.
• Cada bucle for necesita una variable para referirse al elemento en el que está trabajando actualmente.
• Uso de $name para expandir una variable (es decir, obtener su valor). También se puede usar ${name}.
• No utilizar espacios, comillas o caracteres especiales como ‘*’ o ‘?’ en nombres de directorios, ya que complica la expansión de variables.
• Proporcionar a los archivos nombres coherentes que sean fáciles de combinar con los caracteres especiales para facilitar la selección de los bucles.
• Utilizar la tecla de flecha hacia arriba para desplazarse por los comandos anteriores para editarlos y repetirlos.
• UsarCtrl-R para buscar a través de los comandos previamente introducidos.
• Usar history para mostrar comandos recientes, y !number para repetir un comando por número.

Content from Scripts de la terminal

---

Last updated on 2023-04-24 | Edit this page

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Overview

Questions

• ¿Cómo puedo guardar y reutilizar comandos?

Objectives

• Escriba un script de la terminal que ejecute un comando o una serie de comandos para un conjunto fijo de archivos.
• Ejecutar un script de la terminal desde la línea de comandos.
• Escribir un script de la terminal que opere sobre un conjunto de archivos definidos por el usuario en línea de comandos.
• Crear pipelines que incluyan script de la terminal que tú y otros hayan escrito.

Finalmente estamos listos para ver lo que hace que la terminal sea un entorno de programación tan potente. Vamos a tomar los comandos que repetimos con frecuencia y los vamos a guardar en archivos de modo que podemos volver a ejecutar todas esas operaciones más tarde escribiendo un sólo comando. Por razones históricas, a un conjunto de comandos guardados en un archivo se le llama un script de la terminal, pero no se equivoquen: estos son en realidad pequeños programas.

Comencemos por volver a molecules/ creando un nuevo archivo, middle.sh, que se convertirá en nuestro script de la terminal:

BASH

$ cd molecules
$ nano middle.sh

El comando nano middle.sh abre el archivo middle.sh dentro del editor de texto “nano” (que se ejecuta dentro de la terminal). Si el archivo no existe, se creará. Podemos usar el editor de texto para editar directamente el archivo - simplemente insertaremos la siguiente línea:

BASH

head -n 15 octane.pdb | tail -n 5

Esta es una variación del pipe que construimos anteriormente: selecciona las líneas 11-15 del archivo octane.pdb. Recuerda, no lo estamos ejecutando como un comando todavía: sólo estamos poniendo los comandos en un archivo.

A continuación, guardamos el archivo (Ctrl-O en nano), y salimos del editor de texto (Ctrl-X en nano). Comprueba que el directorio molecules ahora contiene un archivo llamado middle.sh.

Una vez que hayamos guardado el archivo, podemos pedirle a la terminal que ejecute los comandos que contiene. Nuestra terminal se llama bash, por lo que ejecutamos el siguiente comando:

BASH

$ bash middle.sh

OUTPUT

ATOM      9  H           1      -4.502   0.681   0.785  1.00  0.00
ATOM     10  H           1      -5.254  -0.243  -0.537  1.00  0.00
ATOM     11  H           1      -4.357   1.252  -0.895  1.00  0.00
ATOM     12  H           1      -3.009  -0.741  -1.467  1.00  0.00
ATOM     13  H           1      -3.172  -1.337   0.206  1.00  0.00

Efectivamente, la salida de nuestro script es exactamente lo que obtendríamos si ejecutamos ese pipeline directamente en la terminal.

Texto vs. Lo que sea

Por lo general llamamos a programas como Microsoft Word o LibreOffice Writer “editores de texto”, pero tenemos que ser un poco más cuidadosos cuando se trata de programación. De forma predeterminada, Microsoft Word utiliza archivos .docx para almacenar no sólo texto, sino también información de formato sobre fuentes, encabezados, etcétera. Esta información adicional no se almacena como caracteres y no es comprendida por herramientas como head: los comandos esperan que los archivos de entrada contengan únicamente letras, dígitos y puntuación en un teclado de computadora estándar. Por lo tanto, al editar programas, debemos utilizar un editor de texto sin formatos o tener cuidado de guardar nuestros archivos como texto sin formato.

¿Qué pasa si queremos seleccionar líneas de un archivo arbitrario? Podríamos editar middle.sh cada vez para cambiar el nombre de archivo, pero eso probablemente llevaría más tiempo que simplemente volver a escribir el comando. En cambio, editemos middle.sh y hagamos que sea más versátil:

BASH

$ nano middle.sh

Ahora, dentro de “nano”, reemplaza el texto octane.pdb con la variable especial denominada $1:

BASH

head -n 15 "$1" | tail -n 5

Dentro de un script de la terminal,$1 significa “el primer nombre de archivo (u otro parámetro) en la línea de comandos”. Ahora podemos ejecutar nuestro script de esta manera:

BASH

$ bash middle.sh octane.pdb

OUTPUT

ATOM      9  H           1      -4.502   0.681   0.785  1.00  0.00
ATOM     10  H           1      -5.254  -0.243  -0.537  1.00  0.00
ATOM     11  H           1      -4.357   1.252  -0.895  1.00  0.00
ATOM     12  H           1      -3.009  -0.741  -1.467  1.00  0.00
ATOM     13  H           1      -3.172  -1.337   0.206  1.00  0.00

o con un archivo diferente:

BASH

$ bash middle.sh pentane.pdb

OUTPUT

ATOM      9  H           1       1.324   0.350  -1.332  1.00  0.00
ATOM     10  H           1       1.271   1.378   0.122  1.00  0.00
ATOM     11  H           1      -0.074  -0.384   1.288  1.00  0.00
ATOM     12  H           1      -0.048  -1.362  -0.205  1.00  0.00
ATOM     13  H           1      -1.183   0.500  -1.412  1.00  0.00

Comillas dobles alrededor de parámetros

Por la misma razón que ponemos la variable del bucle dentro de comillas dobles, cuando el nombre de archivo contenga espacios, rodeamos $1 con comillas dobles.

Aún así necesitamos editar middle.sh cada vez que queramos ajustar el rango de líneas. Vamos a arreglar esto usando las variables especiales $2 y$3 para el número de líneas que se pasarán respectivamente a head y tail:

BASH

$ nano middle.sh

OUTPUT

head -n "$2" "$1" | tail -n "$3"

Ahora podemos ejecutar:

BASH

$ bash middle.sh pentane.pdb 15 5

OUTPUT

ATOM      9  H           1       1.324   0.350  -1.332  1.00  0.00
ATOM     10  H           1       1.271   1.378   0.122  1.00  0.00
ATOM     11  H           1      -0.074  -0.384   1.288  1.00  0.00
ATOM     12  H           1      -0.048  -1.362  -0.205  1.00  0.00
ATOM     13  H           1      -1.183   0.500  -1.412  1.00  0.00

Cambiando los parámetros de nuestra línea de comando, podemos cambiar el comportamiento del script:

BASH

$ bash middle.sh pentane.pdb 20 5

OUTPUT

ATOM     14  H           1      -1.259   1.420   0.112  1.00  0.00
ATOM     15  H           1      -2.608  -0.407   1.130  1.00  0.00
ATOM     16  H           1      -2.540  -1.303  -0.404  1.00  0.00
ATOM     17  H           1      -3.393   0.254  -0.321  1.00  0.00
TER      18              1

Esto funciona, pero a la siguiente persona que use middle.sh se le puede dificultar ver lo que hace. Podemos mejorar nuestro script agregando algunos comentarios en la parte superior:

BASH

$ nano middle.sh

OUTPUT

# Select lines from the middle of a file.
# Usage: bash middle.sh filename end_line num_lines
head -n "$2" "$1" | tail -n "$3"

Un comentario comienza con un caracter # y se ejecuta hasta el final de la línea. La computadora ignora los comentarios, pero son invaluables para ayudar a la gente (incluyéndote a ti en un futuro) a entender y usar scripts. La única advertencia es que cada vez que modifiques un script, debes comprobar que el comentario siga siendo preciso: Una explicación que envía al lector en la dirección equivocada es peor que ninguna.

¿Qué sucede si queremos procesar muchos archivos en un solo pipeline? Por ejemplo, si queremos ordenar nuestros archivos .pdb por longitud, deberíamos escribir:

BASH

$ wc -l *.pdb | sort -n

dado que wc -l lista el número de líneas en los archivos (recuerda que wc significa ‘word count’, y si agregas el -l significa ‘contar líneas’) y sort -n ordena numéricamente. Podríamos poner esto en un archivo, pero entonces sólo podría ordenar una lista de archivos .pdb en el directorio actual. Si queremos ser capaces de obtener una lista ordenada de otros tipos de archivos, necesitamos una manera de conseguir estos nombres en el script. No podemos usar $1, $2, y así sucesivamente porque no sabemos cuántos archivos hay. En su lugar, utilizamos la variable especial $@, lo que significa, “Todos los parámetros de la línea de comandos para el script”. También debemos poner $@ dentro de comillas dobles para el caso de parámetros que contienen espacios ("$@" es equivalente a "$1" "$2" …). He aquí un ejemplo:

BASH

$ nano sorted.sh

OUTPUT

# Sort filenames by their length.
# Usage: bash sorted.sh one_or_more_filenames
wc -l "$@" | sort -n

BASH

$ bash sorted.sh *.pdb ../creatures/*.dat

OUTPUT

9 methane.pdb
12 ethane.pdb
15 propane.pdb
20 cubane.pdb
21 pentane.pdb
30 octane.pdb
163 ../creatures/basilisk.dat
163 ../creatures/unicorn.dat

¿Por qué no está haciendo nada?

¿Qué pasa si se supone que un script procesa un grupo de archivos, pero nosotros no le damos ningún nombre de archivo? Por ejemplo, ¿qué pasa si escribimos?:

BASH

$ bash sorted.sh

pero sin agregar *.dat (o cualquier otra cosa)? En este caso, $@ se expande a nada en absoluto, por lo que el pipeline dentro del script es efectivamente:

BASH

$ wc -l | sort -n

Dado que no tiene ningún nombre de archivo, wc supone que debe procesar entrada estándar, por lo que sólo se sienta allí y espera a que le demos algunos datos de forma interactiva. Desde el exterior, sin embargo, todo lo que vemos es que el programa está estático: el guión no parece hacer nada.

Supongamos que acabamos de ejecutar una serie de comandos que hicieron algo útil - por ejemplo, crearon un gráfico que nos gustaría utilizar en un documento. Nos gustaría poder volver a hacer el gráfico más tarde si es necesario, por lo que queremos guardar los comandos en un archivo. En lugar de escribirlos de nuevo (y potencialmente equivocarse) podemos hacer esto:

BASH

$ history | tail -n 5 > redo-figure-3.sh

El archivo redo-figure-3.sh ahora contiene:

297 bash goostats -r NENE01729B.txt stats-NENE01729B.txt
298 bash goodiff stats-NENE01729B.txt /data/validated/01729.txt > 01729-differences.txt
299 cut -d ',' -f 2-3 01729-differences.txt > 01729-time-series.txt
300 ygraph --format scatter --color bw --borders none 01729-time-series.txt figure-3.png
301 history | tail -n 5 > redo-figure-3.sh

Después de un poco de trabajo en un editor para eliminar los números de serie en los comandos, y eliminar la línea final donde llamamos el comando history, tenemos un registro completamente preciso de cómo creamos dicha figura.

En la práctica, la mayoría de las personas desarrollan scripts de la terminal ejecutando comandos en el prompt de dicha terminal varias veces para asegurarse de que están haciendo las cosas bien, y a continuación los guardan en un archivo para su reutilización. Este estilo de trabajo permite a la gente replicar lo que descubre sobre sus datos y su flujo de trabajo con una llamada a history y editando para limpiar la salida pueden guardarlo como un script de la terminal.

El pipeline de Nelle: Creando un script

---

El supervisor de Nelle insistió en que todos sus análisis deben ser reproducibles. Nelle se da cuenta que debería haber proporcionado un par de parámetros adicionales a goostats cuando procesó sus archivos. Esto podría haber sido un desastre si hubiera hecho todo el análisis a mano, pero gracias a los bucles for, sólo le tomará un par de horas para volver a realizar el análisis. La forma más fácil de capturar todos los pasos es en un script. Ella ejecuta el editor y escribe lo siguiente:

BASH

# Calculate reduced stats for data files.
for datafile in "$@"
do
    echo $datafile
    bash goostats $datafile stats-$datafile
done

Guarda esto en un archivo llamado do-stats.sh para que ahora pueda volver a hacer la primera etapa de su análisis escribiendo:

BASH

$ bash do-stats.sh NENE*[AB].txt

Ella también puede hacer esto:

BASH

$ bash do-stats.sh NENE*[AB].txt | wc -l

de modo que el output es sólo el número de archivos procesados en lugar de los nombres de los archivos que se procesaron.

Una cosa a tener en cuenta sobre el script de Nelle es que permite que la persona que lo ejecuta decida que archivos procesar. Podría haberlo escrito así:

BASH

# Calculate stats for Site A and Site B data files.
for datafile in NENE*[AB].txt
do
    echo $datafile
    bash goostats $datafile stats-$datafile
done

La ventaja es que esto siempre selecciona los archivos correctos: Ella no tiene que recordar excluir los archivos ‘Z’. La desventaja es que siempre selecciona esos archivos - ella no puede ejecutarlo en todos los archivos (incluidos los archivos ‘Z’), o en los archivos ‘G’ o ‘H’ que sus colegas de la Antártida están produciendo, sin editar el script manualmente. Si quisiera ser más aventurera, Nelle podría modificar su script para verificar los parámetros en línea de comandos, y utilizar NENE*[AB].txt si no se ha proporcionado ninguno. Por supuesto, esto introduce otro equilibrio entre flexibilidad y complejidad.

Variables en los scripts de la terminal

En el directorio molecules, imagina que tienes un script de la terminal llamado script.sh que contiene los siguientes comandos:

BASH

head -n $2 $1
tail -n $3 $1

Mientras estés en el directorio molecules, escribe el siguiente comando:

BASH

bash script.sh '*.pdb' 1 1

¿Cuál de los siguientes resultados esperarías ver?

1. Todas las líneas entre la primera y la última línea de cada archivo que terminan en .pdb en el directorio molecules.
2. La primera y la última línea de cada archivo que termina en .pdb en el directorio molecules.
3. La primera y la última línea de cada archivo en el directorio molecules.
4. Un error debido a las comillas alrededor de *.pdb.

Solución

La respuesta correcta es la 2. Las variables $1, $2 y $3 representan los argumentos para el script, tal que los comandos ejecutados son:

BASH

$ head -n 1 cubane.pdb ethan ee.pdb octane.pdb pentane.pdb propane.pdb
$ tail -n 1 cubane.pdb ethane.pdb octane.pdb pentane.pdb propane.pdb

La terminal no expande ‘* .pdb’ porque está rodeado por comillas. El primer parámetro del script es ‘*.pdb’, que se expande dentro del script desde el principio al final.

Listando especies únicas

Leah tiene varios cientos de archivos de datos, cada uno de los cuales tiene el siguiente formato :

2013-11-05,deer,5
2013-11-05,rabbit,22
2013-11-05,raccoon,7
2013-11-06,rabbit,19
2013-11-06,deer,2
2013-11-06,fox,1
2013-11-07,rabbit,18
2013-11-07,bear,1

Un ejemplo de este tipo de archivo se puede ver en data-shell/data/animal-counts/animals.txt.

Escribe un script de la terminal llamado species.sh que tome cualquier número de nombres de archivos como parámetros de línea de comandos, y utilice cut, sort y uniq para mostrar una lista de las especies únicas que aparecen en cada uno de esos archivos por separado.

Solución

# El script para encontrar especies unicas en archivos .csv en donde "species" es la segunda data field
# Este script acepta cualquier número de nombres de archivos como argumentos de la línea de comando.

# Bucle loop
for file in $@
do
	echo "Unique species in $file:"
	# Extraer nombres de especies
	cut -d , -f 2 $file | sort | uniq
done

Encuentre el archivo más largo con una extensión determinada

Escribe un script de la terminal llamado longest.sh que tome el nombre de un directorio y una extensión de nombre de archivo como sus parámetros, e imprima el nombre del archivo con más líneas en ese directorio con esa extensión. Por ejemplo:

BASH

$ bash longest.sh /tmp/data pdb

Mostraría el nombre del archivo .pdb en/tmp/data que tenga más líneas.

Solución

BASH

 # Script que toma 2 parámetros: 
 #    1. un nombre de directorio
 #    2. una extensión de archivo
 # y muestra el nombre del archivo de ese directorio 
 # con las líneas que coincide con la extensión del archivo.
 
wc -l $1/*.$2 | sort -n | tail -n 2 | head -n 1

¿Por qué grabar los comandos en el historial antes de ejecutarlos?

Si ejecutas el comando:

BASH

$ history | tail -n 5 > recent.sh

El último comando del archivo es el mismo comando history, es decir, la terminal ha añadido history al registro de comandos antes de ejecutarlo. De hecho, la terminal siempre agrega comandos al registro antes de ejecutarlos. ¿Por qué crees que hace esto?

Solución

Si un comando hace que algo se cuelgue, podría ser útil saber cuál era ese comando para saber cuál fue el problema. Si el comando sólo se registra después de ejecutarlo, no tendríamos un registro del último comando ejecutado en caso de un bloqueo.

Script de lectura y comprensión

Considera el directorio data-shell/molecules una vez más. Este contiene una cantidad de archivos .pdb además de otro archivo que hayas creado. Explica, para los siguientes tres ejemplos, que hace el script llamado example.sh cuando lo ejecutas como bash example.sh *.pdb:

BASH

# Script 1
echo *.*

BASH

# Script 2
for filename in $1 $2 $3
do
    cat $filename
done

BASH

# Script 3
echo $@.dat

Solución

El script 1 mostrará una lista de todos los archivos que contienen un punto en su nombre.

El script 2 mostrará el contenido de los primeros 3 archivos que coinciden con la extensión del archivo. La terminal expande el caracter especial antes de pasar los argumentos al script example.sh.

El script 3 mostrará todos los parámetros del script (es decir, todos los archivos .pdb), seguido de .pdb. cubane.pdb etano.pdb metano.pdb octano.pdb pentano.pdb propano.pdb.pdb

Depuración (debugging) de scripts

Supongamos que se ha guardado el siguiente script en un archivo denominado do-errors.sh en el directorio north-pacific-gyre/2012-07-03 de Nelle:

BASH

# Calcular las estadísticas de los archivos de datos.
for datafile in "$@"
do
    echo $datfile
    bash goostats $datafile stats-$datafile
done

Cuando lo ejecutas:

BASH

$ bash do-errors.sh NENE*[AB].txt

El output está en blanco. Para averiguar por qué, vuelve a ejecutar el script utilizando la opción -x:

BASH

bash -x do-errors.sh NENE*[AB].txt

¿Cuál es el resultado que muestra? ¿Qué línea es responsable del error?

Solución

El indicador -x hace que bash se ejecute en modo de depuración. Esto muestra cada comando mientras se ejecuta, lo que te ayudará a localizar errores. En este ejemplo, podemos ver que echo no está mostrando nada. Hemos creado un error tipográfico en el nombre de la variable del bucle, la variable datfile no existe, por lo que devuelve una cadena vacía.

Key Points

• Guardar comandos en archivos (normalmente llamados scripts de la terminal) para su reutilización.
• bash filename ejecuta los comandos guardados en un archivo.
• $@se refiere a todos los parámetros de la línea de comandos de un script de la terminal.
• $1, $2, etc., se refieren al primer parámetro de la línea de comandos, al segundo parámetro de la línea de comandos, etc.
• Coloque las variables entre comillas si los valores tienen espacios en ellas.
• Dejar que los usuarios decidan qué archivos procesar es más flexible y más consistente con los comandos de Unix.

Content from Encontrando archivos

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Overview

Questions

• ¿Cómo puedo encontrar archivos?
• ¿Cómo puedo encontrar algunas cosas dentro de mis archivos?

Objectives

• Usar grep para seleccionar las líneas de archivos de texto que coincidan con patrones simples.
• Usar find para encontrar archivos cuyos nombres coincidan con patrones simples.
• Usar la respuesta de un comando como parámetro de entrada para otro comando.
• Explicar lo que se entiende por archivos de ‘texto’ y ‘binarios’, y por qué muchas herramientas comunes no manejan bien estos últimos.

De la misma manera que muchos de nosotros ahora usamos “googlear” como un verbo que significa “encontrar”, los programadores de Unix usan cotidianamente la palabra “grep”. “grep” es una contracción de “global/regular expression/print” (global/expresión regular/imprimir), una secuencia común de operaciones en los primeros editores de texto de Unix. También es el nombre de un programa de línea de comandos muy útil.

El comando grep encuentra e imprime líneas en archivos que coinciden con un patrón. Para nuestros ejemplos, usaremos un archivo que contenga tres haikus publicados en 1998 en la revista Salon. Para este conjunto de ejemplos, Vamos a estar trabajando en el subdirectorio “writing”:

BASH

$ cd
$ cd writing
$ cat haiku.txt

OUTPUT

The Tao that is seen
Is not the true Tao, until
You bring fresh toner.

With searching comes loss
and the presence of absence:
"My Thesis" not found.

Yesterday it worked
Today it is not working
Software is like that.

Del dicho “Para siempre, o cinco años”

Nota: no hemos vinculado a los haikus originales porque parecen ya no estar disponibles en el sitio de Salon. Como Jeff Rothenberg dijo, “La información digital dura para siempre — o cinco años, lo que ocurra primero.”

Busquemos líneas que contengan la palabra “not”:

BASH

$ grep not haiku.txt

OUTPUT

Is not the true Tao, until
"My Thesis" not found
Today it is not working

En este ejemplo, not es el patrón que estamos buscando. Es bastante simple: cada carácter alfanumérico coincide con sí mismo. Después del patrón viene el nombre o los nombres de los archivos que estamos buscando. La salida son las tres líneas del archivo que contienen las letras “not”.

Vamos a probar un patrón distinto: “The”.

BASH

$ grep The haiku.txt

OUTPUT

The Tao that is seen
"My Thesis" not found.

Esta vez, las dos líneas que incluyen las letras “The” forman parte del producto de la búsqueda. Sin embargo, una instancia de esas letras está contenida en una palabra más grande, “Thesis”.

Para restringir los aciertos a las líneas que contienen la palabra “The” por sí sola, podemos usar grep con el indicador-w. Esto limitará los coincidencias a palabras.

BASH

$ grep -w The haiku.txt

OUTPUT

The Tao that is seen

Nota que la palabra o patrón de búsqueda incluye el comienzo y el final de una línea, no solamente aquellas letras rodeadas de espacios. A veces, queremos buscar una frase, en vez de una sola palabra. Esto puede hacerse fácilmente con grep usando la frase entre comillas.

BASH

$ grep -w "is not" haiku.txt

OUTPUT

Today it is not working

Hemos visto que no requerimos comillas alrededor de palabras simples, pero es útil utilizar comillas cuando se buscan varias palabras consecutivas. También ayuda a facilitar la distinción entre el término o frase de búsqueda y el archivo en el que se está buscando. Utilizaremos comillas en los próximos ejemplos.

Otra opción útil es -n, que numera las líneas que coinciden:

BASH

$ grep -n "it" haiku.txt

OUTPUT

5:With searching comes loss
9:Yesterday it worked
10:Today it is not working

Aquí, podemos ver que las líneas 5, 9 y 10 contienen las letras “it”.

Podemos combinar opciones (es decir, flags) como lo hacemos con otros comandos de Unix. Por ejemplo, vamos a encontrar las líneas que contienen la palabra “the”. Podemos combinar la opción -w para encontrar las líneas que contienen la palabra “the” con -n para numerar las líneas que coinciden:

BASH

$ grep -n -w "the" haiku.txt

OUTPUT

2:Is not the true Tao, until
6:and the presence of absence:

Ahora queremos usar la opción -i para hacer que nuestra búsqueda sea insensible a mayúsculas y minúsculas:

BASH

$ grep -n -w -i "the" haiku.txt

OUTPUT

1:The Tao that is seen
2:Is not the true Tao, until
6:and the presence of absence:

Ahora, queremos usar la opción -v para invertir nuestra búsqueda, es decir, queremos que obtener las líneas que NO contienen la palabra “the”.

BASH

$ grep -n -w -v "the" haiku.txt

OUTPUT

1:The Tao that is seen
3:You bring fresh toner.
4:
5:With searching comes loss
7:"My Thesis" not found.
8:
9:Yesterday it worked
10:Today it is not working
11:Software is like that.

grep tiene muchas otras opciones. Para averiguar cuáles son, podemos escribir:

BASH

$ grep --help

OUTPUT

Usage: grep [OPTION]... PATTERN [FILE]...
Search for PATTERN in each FILE or standard input.
PATTERN is, by default, a basic regular expression (BRE).
Example: grep -i 'hello world' menu.h main.c

Regexp selection and interpretation:
  -E, --extended-regexp     PATTERN is an extended regular expression (ERE)
  -F, --fixed-strings       PATTERN is a set of newline-separated fixed strings
  -G, --basic-regexp        PATTERN is a basic regular expression (BRE)
  -P, --perl-regexp         PATTERN is a Perl regular expression
  -e, --regexp=PATTERN      use PATTERN for matching
  -f, --file=FILE           obtain PATTERN from FILE
  -i, --ignore-case         ignore case distinctions
  -w, --word-regexp         force PATTERN to match only whole words
  -x, --line-regexp         force PATTERN to match only whole lines
  -z, --null-data           a data line ends in 0 byte, not newline

Miscellaneous:
...        ...        ...

Utilizando grep

Haciendo referencia a haiku.txt presentado al inicio de este tema, qué comando resultaría en la salida siguiente:

OUTPUT

and the presence of absence:

1. grep "of" haiku.txt
2. grep -E "of" haiku.txt
3. grep -w "of" haiku.txt
4. grep -i "of" haiku.txt

Caracteres especiales o comodines

La verdadera ventaja de grep no proviene de sus opciones; viene del hecho de que los patrones pueden incluir comodines. (El nombre técnico para estos son expresiones regulares, que es lo que significa el “re” en “grep”.) Las expresiones regulares son complejas y poderosas. Nota: Si quieres realizar búsquedas complejas, y quieres saber más detalles mira la lección de expresiones regulares. Como prueba, podemos encontrar líneas que tienen una ‘o’ en la segunda posición, por ejemplo:

BASH

$ grep -E '^.o' haiku.txt

OUTPUT

You bring fresh toner.
Today it is not working
Software is like that.

Utilizamos el indicador -E y ponemos el patrón entre comillas para evitar que el shell intente interpretarlo. (Si el patrón contiene un *, por ejemplo, el shell intentaría expandirlo antes de ejecutar grep.) El ^ en el patrón de búsqueda indica que la coincidencia debe ser al inicio de la línea. El . coincide con un solo carácter (como ? en el shell), mientras que el o coincide con una ‘o’ real que en este caso viene a ser el segundo caracter.

Seguimiento de una especie

Leah tiene varios cientos de archivos de datos guardados en un directorio, cada uno de los cuales tiene el formato siguiente:

2013-11-05,deer,5
2013-11-05,rabbit,22
2013-11-05,raccoon,7
2013-11-06,rabbit,19
2013-11-06,deer,2

Quiere escribir un script de shell que tome un directorio y una especie como parámetros de línea de comandos y que le devuelva un archivo llamado species.txt que contenga una lista de fechas y el número de individuos de esa especie observados en esa fecha, como este archivo de números de conejos:

2013-11-05,22
2013-11-06,19
2013-11-07,18

Escribe estos comandos y pipes en el orden correcto para lograrlo:

BASH

cut -d : -f 2  
>  
|  
grep -w $1 -r $2  
|  
$1.txt  
cut -d , -f 1,3  

Sugerencia: usa man grep para buscar cómo seleccionar texto recursivamente en un directorio usando grep y man cut para seleccionar más de un campo en una línea. Encuentra un ejemplo en el siguiente archivo data-shell/data/animal-counts/animals.txt

Solución

grep -w $1 -r $2 | cut -d : -f 2 | cut -d , -f 1,3  > $1.txt

Puedes llamar al script de la siguiente forma:

BASH

$ bash count-species.sh bear .

Mujercitas

Tú y tu amigo tienen una desacuerdo, después de terminar de leer Little Women de Louisa May Alcott. De las cuatro hermanas en el libro, Jo, Meg, Beth, y Amy, tu amigo piensa que Jo era la más mencionada. Tú, sin embargo, estás segura de que era Amy. Afortunadamente tu tienes un archivo llamado LittleWomen.txt en data/, que contiene el texto completo de la novela. Utilizando un bucle for, ¿cómo tabularías el número de veces que cada una de las cuatro hermanas es mencionada?

Sugerencia: una solución sería emplear los comandos grep y wc y un |, mientras que otra solución podría utilizar opciones de grep. Normalmente hay más de una forma para solucionar una tarea de programación. Cada solución es seleccionada de acuerdo a la combinación entre cuál es la que produce el resultado correcto, con mayor elegancia, de la manera más clara y con mayor velocidad.

Solución

for sis in Jo Meg Beth Amy
do
	echo $sis:
  grep -ow $sis LittleWomen.txt | wc -l
done

Alternativa, menos eficiente:

for sis in Jo Meg Beth Amy
do
	echo $sis:
grep -ocw $sis LittleWomen.txt
done

Esta solución es menos eficiente porque grep -c solamente reporta el número de las líneas. El número total de coincidencias que es reportado por este método va a ser más bajo si hay más de una coincidencia por línea.

Mientras grep encuentra líneas en los archivos, El comando find busca los archivos. Una vez más, tienes muchas opciones. Para mostrar cómo funcionan las más simples, utilizaremos el árbol de directorios que se muestra a continuación.

El directorio writing de Nelle contiene un archivo llamado haiku.txt y tres subdirectorios: thesis (que contiene un archivo tristemente vacío, empty-draft.md), data (que contiene dos archivos LittleWomen.txt , one.txt y two.txt), un directorio tools que contiene los programasformat y stats, y un subdirectorio llamado old, con un archivo oldtool.

Para nuestro primer comando, ejecutemos find ..

BASH

$ find .

OUTPUT

.
./data
./data/one.txt
./data/LittleWomen.txt
./data/two.txt
./tools
./tools/format
./tools/old
./tools/old/oldtool
./tools/stats
./haiku.txt
./thesis
./thesis/empty-draft.md

Como siempre, el . por sí mismo significa el directorio de trabajo actual, que es donde queremos que empiece nuestra búsqueda. La salida de find es el nombre de cada archivo y directorio dentro del directorio de trabajo actual. Esto puede parecer inútil al principio, pero find tiene muchas opciones para filtrar la salida y en esta lección vamos a descubrir algunas de ellas.

La primera opción en nuestra lista es -type d que significa “encontrar directorios”. Por supuesto que la salida de find serán los nombres de los cinco directorios en nuestro pequeño árbol (incluyendo .):

BASH

$ find . -type d

OUTPUT

./
./data
./thesis
./tools
./tools/old

Si cambiamos -type d por -type f, recibimos una lista de todos los archivos:

BASH

$ find . -type f

OUTPUT

./haiku.txt
./tools/stats
./tools/old/oldtool
./tools/format
./thesis/empty-draft.md
./data/one.txt
./data/LittleWomen.txt
./data/two.txt

Ahora tratemos de buscar por nombre:

BASH

$ find . -name *.txt

OUTPUT

./haiku.txt

Esperábamos que encontrara todos los archivos de texto, Pero sólo imprime ./haiku.txt. El problema es que el shell amplía los caracteres comodín como * antes de ejecutar los comandos. Dado que *.txt en el directorio actual se expande a haiku.txt, El comando que ejecutamos era:

BASH

$ find . -name haiku.txt

find hizo lo que pedimos, pero pedimos la cosa equivocada.

Para conseguir lo que queremos, vamos a hacer lo que hicimos con grep: escribe * txt entre comillas simples para evitar que el shell expanda el comodín *. De esta manera, find obtiene realmente el patrón *.txt, no el nombre de archivo expandido haiku.txt:

BASH

$ find . -name '*.txt'

OUTPUT

./data/one.txt
./data/LittleWomen.txt
./data/two.txt
./haiku.txt

Listar vs. Buscar

ls yfind se pueden usar para hacer cosas similares dadas las opciones correctas, pero en circunstancias normales, ls enumera todo lo que puede, mientras que find busca cosas con ciertas propiedades y las muestra.

Como mencionamos anteriormente, el poder de la línea de comandos reside en la combinación de herramientas. Hemos visto cómo hacerlo con pipes, veamos otra técnica. Como acabamos de ver, find . -name '*.txt' nos da una lista de todos los archivos de texto dentro o más abajo del directorio actual. ¿Cómo podemos combinar eso con wc -l para contar las líneas en todos esos archivos?

La forma más sencilla es poner el comando find dentro de $():

BASH

$ wc -l $(find . -name '*.txt')

OUTPUT

11 ./haiku.txt
300 ./data/two.txt
21022 ./data/LittleWomen.txt
70 ./data/one.txt
21403 total

Cuando el shell ejecuta este comando, lo primero que hace es ejecutar lo que esté dentro del $(). Luego reemplaza la expresión $() con la salida de ese comando. Dado que la salida de find son los cuatro nombres de directorio ./data/one.txt, ./data/LittleWomen.txt, ./data/two.txt, y ./haiku.txt, el shell construye el comando:

BASH

$ wc -l ./data/one.txt ./data/LittleWomen.txt ./data/two.txt ./haiku.txt

que es lo que queríamos. Esta expansión es exactamente lo que hace el shell cuando se expanden comodines como * y ?, pero nos permite usar cualquier comando que deseemos como nuestro propio “comodín”.

Es muy común usar find y grep juntos. El primero encuentra archivos que coinciden con un patrón; el segundo busca líneas dentro de los archivos que coinciden con otro patrón. Aquí, por ejemplo, podemos encontrar archivos PDB que contienen átomos de hierro buscando la cadena “FE” en todos los archivos .pdb por encima del directorio actual:

BASH

$ grep "FE" $(find .. -name '*.pdb')

OUTPUT

../data/pdb/heme.pdb:ATOM     25 FE           1      -0.924   0.535  -0.518

Buscando coincidencias y restando

-v es una opción de grep que invierte la coincidencia de patrones, de modo que sólo las líneas que no coinciden con el patrón se imprimen. Dado esto ¿cuál de los siguientes comandos encontrarán todos los archivos en /data cuyos nombres terminan en s.txt (por ejemplo, animals.txt or planets.txt), pero no contienen la palabra net? Después de pensar en tu respuesta, puedes probar los comandos en el directorio data-shell.

1. find data -name '*s.txt' | grep -v net
2. find data -name *s.txt | grep -v net
3. grep -v "temp" $(find data -name '*s.txt')
4. Ninguna de las anteriores.

Solución

La respuesta correcta es 1. Poniendo la expresión entre comillas, evita que el shell la expanda, y luego lo pasa al comando find.

La opción 2 es incorrecta porque el shell expande *s.txt en lugar de mandar el nombre correcto al find.

La opción 3 es incorrecta porque busca en los contenidos de los archivos las líneas que no coinciden con “temp”, en lugar de buscar los nombres de los archivos.

Archivos binarios

Nos hemos centrado exclusivamente en encontrar cosas en archivos de texto. ¿Y si sus datos se almacenan como imágenes, en bases de datos, o en algún otro formato? Una opción sería extender herramientas como grep para manejar esos formatos. Esto no ha sucedido, y probablemente no se hará, porque hay demasiados formatos disponibles.

La segunda opción es convertir los datos en texto, o extraer los bits de texto de los datos. Este es probablemente el enfoque más común, ya que sólo requiere generar una herramienta por formato de datos (para extraer información). Por un lado, facilita realizar las cosas simples. Por el contrario, las cosas complejas son generalmente imposibles. Por ejemplo, es bastante fácil escribir un programa que extraiga las dimensiones X, Y de los archivos de imagen para que podamos después usar grep, pero ¿cómo escribir algo para encontrar valores en una hoja de cálculo cuyas celdas contienen fórmulas?

La tercera opción es reconocer que laterminal y el procesamiento de texto tiene sus límites, y en caso necesario debes utilizar otro lenguaje de programación. Sin embargo, el shell te seguirá siendo útil para realizar tareas de procesamiento diarias.

La terminal de Unix es más antiguo que la mayoría de las personas que lo usan. Ha sobrevivido tanto tiempo porque es uno de los ambientes de programación más productivos jamás creados — quizás incluso el más productivo. Su sintaxis puede ser críptica, pero las personas que lo dominan pueden experimentar con diferentes comandos interactivamente, y luego utilizar lo que han aprendido para automatizar su trabajo. Las interfaces gráficas de usuario pueden ser más sencillas al principio, pero el shell sigue invicto en segunda instancia. Y como Alfred North Whitehead escribió en 1911, “La civilización avanza extendiendo el número de operaciones importantes que podemos realizar sin pensar en ellas.”

find Comprensión de lectura de pipeline

Escribe un breve comentario explicativo para el siguiente script de shell:

BASH

wc -l $(find . -name '*.dat') | sort -n

Solución

1. Encuentra todos los archivos con una extensión .dat en el directorio actual
2. Cuenta el número de líneas que contiene cada uno de estos archivos
3. Ordena la salida del paso 2. numéricamente

Búsqueda de archivos con propiedades diferentes

El comando find puede recibir varios otros criterios conocidos como “tests” para localizar archivos con atributos específicos, como tiempo de creación, tamaño, permisos o dueño. Explora el manual con man find y luego escribe un solo comando para encontrar todos los archivos en o debajo del directorio actual que han sido modificados por el usuario ahmed en las últimas 24 horas.

Sugerencia 1: necesitarás utilizar tres tests: -type,-mtime y -user.

Sugerencia 2: El valor de -mtime tendrá que ser negativo — ¿por qué?

Solución:

Asumiendo que el directorio de inicio de Nelle es nuestro directorio en el que trabajamos, podemos usar:

BASH

$ find ./ -type f -mtime -1 -user ahmed

Key Points

• find encuentra archivos con propiedades específicas que coinciden con los patrones especificados.
• grep selecciona líneas en archivos que coinciden con los patrones especificados.
• --help es un indicador usado por muchos comandos bash y programas que se pueden ejecutar desde dentro de Bash, se usa para mostrar más información sobre cómo usar estos comandos o programas.
• man command muestra la página del manual de un comando.
• $(comando) contiene la salida de un comando.